Здравствуйте, Олег.
Порядок подачи данных уведомлений предусмотрен в Приказе МВД России от 04.06.2019 N 363
Данным приказом предусмотрено, что
2. Организация в течение трех рабочих дней с даты трудоустройства иностранного гражданина (лица без гражданства) обязана уведомить об этом территориальный орган на региональном уровне в соответствующем субъекте Российской Федерации.
Как видите в пункте 2 речь идет именно про орган МВД на региональном уровне, коим и является ГУ МВД по Санкт-Петербургу. Однако, в пункте 8 этого же Приказа указывается, что
8. Уведомление представляется организацией на бумажном носителе непосредственно в подразделение по вопросам миграции территориального органа на региональном уровне или направляется заказным почтовым отправлением с уведомлением о вручении и описью вложения.
То есть, здесь неопределенность именно в подразделение по вопросам миграции или же в сам орган МВД на региональном уровне. Более того, сама форма уведомления приведенная в приложении 13 к приказу в самой первой графе указывает
(наименование территориального органа МВД России на региональном уровне)
Поэтому, считаю, что нужно обратиться в подразделение, где хотите подать на ВНЖ и предоставить подтверждение того, что уведомление было отправлено. Должны разобраться и все исправить. Оно не могло потеряться.