Между мной и бюджетным учреждением был заключен договор аренды помещения. На меня подали иск на выплату задолженности

Если отвечать исходя из представленных документов, то можно сказать следующее.

По эксплуатационным услугам в договоре есть следующие пункты.

п. 2.2:

2.2.2. Вносит арендную плату в установленные п.3.1. настоящего договора сроки, а также несет все расходы, связанные с содержанием Имущества, обеспечивает своевременную оплату коммунальных и эксплуатационных услуг. 

+ п. 3.2:

3.2. Затраты Арендатора на текущий ремонт, оплата за эксплуатационные услуги не включается в установленную в п.3.1. настоящего Договора сумму арендной платы.

Дополнительно есть какие-то Приложения к договору, где определён перечень эксплуатационных расходов и расходов на содержание?

Если это нигде не определено и не согласовано, то можно попробовать ссылаться, что в этой части договор не заключен.

И как раз можно указывать вот на это:

Мною было предложено руководству составить соглашение по порядку расчета выставления счетов за содержание и эксплуатацию здания

То есть, что Вы пытались устранить неопределённость в договоре, но арендодатель действовал недобросовестно.

Статья 307 ГК РФ Понятие обязательства
3. При установлении, исполнении обязательства и после его прекращения стороны обязаны действовать добросовестно, учитывая права и законные интересы друг друга, взаимно оказывая необходимое содействие для достижения цели обязательства, а также предоставляя друг другу необходимую информацию.

Из чего они вообще исходили, когда рассчитывали эти расходы?

Также обратите внимание вот на что.

В определении суда указано, что процесс будет в упрощённом порядке, т.е. без вызова сторон.

Исковое заявление (заявление) содержит предусмотренные частями 1, 2 статьи 227 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации признаки, при наличии которых дело подлежит рассмотрению в порядке упрощенного производства. 

Вам, на мой взгляд, будет лучше, если рассмотрение пройдёт в обычном порядке — там больше возможностей для обоснования своей позиции.

Поэтому можно подать ходатайство, чтобы дело рассмотрели в рамках обычного судопроизводства.

Или предпринять иные меры, которые позволят уйти от упрощённого порядка.

Статья 227 АПК РФ Дела, рассматриваемые в порядке упрощенного производства

5. Суд выносит определение о рассмотрении дела по общим правилам искового производства или по правилам административного судопроизводства, если в ходе рассмотрения дела в порядке упрощенного производства удовлетворено ходатайство третьего лица, заявляющего самостоятельные требования относительно предмета спора, о вступлении в дело, принят встречный иск, который не может быть рассмотрен по правилам, установленным настоящей главой, либо если суд, в том числе по ходатайству одной из сторон, пришел к выводу о том, что:

1) порядок упрощенного производства может привести к разглашению государственной тайны;
2) необходимо выяснить дополнительные обстоятельства или исследовать дополнительные доказательства, а также провести осмотр и исследование доказательств по месту их нахождения, назначить экспертизу или заслушать свидетельские показания;
3) заявленное требование связано с иными требованиями, в том числе к другим лицам, или судебным актом, принятым по данному делу, могут быть нарушены права и законные интересы других лиц.

У вас еще в определении стоит упрощенный порядок- то есть свой отзыв и все ваши документы в суд надо предоставить к указанному сроку- дело будут рассматривать по документам- без вызова сторон- поэтому надо очень подробно писать ваши несогласия- ссылаться на документы и чтобы у суда было понимание ситуации. 

Если вы уже знаете, что с этим могут быть проблемы- лучше подать с документами еще и ходатайство по ст 227 апк о переводе данного дело из упрощенного порядка в обычный порядок рассмотрения.

В процессе работы мне выставляли счета за аренду, и за возмещение коммунальных услуг, а также за эксплуатацию и содержания здания. Я оплачивал только за коммунальные расходы, так как был не согласен с их расчетами насчет содержания и эксплуатации здания.

Виктор

на самом деле можно говорить, что все расходы вообще на вас

2.2.2. Вносит
арендную плату в установленные п.3.1. настоящего договора сроки, а также несет
все расходы, связанные с содержанием Имущества, обеспечивает своевременную
оплату коммунальных и эксплуатационных услуг.

2.2.3. Содержит
Имущество в полной исправности и соответствующем санитарном состоянии до сдачи
Арендодателю, не совершает действий, приводящих к ухудшению качественных
характеристик Имущества.

а вот п 2.2.3 — говорит еще даже о ремонте больше — но как считают эти расходы понятно плохо

3.2. Затраты Арендатора на текущий ремонт, оплата за эксплуатационные услуги не включается в установленную в п.3.1. настоящего Договора сумму арендной платы.

тут ни сроков, ни перевыставления — и это создает проблему как раз с расчетами чтобы с ними спорить — как они считают, почему вы не согласны, к чему надо привязываться

Вы указываете, что 

 мне выставляли счета за аренду, и за возмещение коммунальных услуг, а также за эксплуатацию и содержания здания.

Не знаю, насколько точно Вы привели фразу, но, исходя из договора, у Вас в аренде находилась часть нежилого помещения, но не здание. 

Кроме того, размер платы за эксплуатацию и содержание здания нельзя считать согласованным, поскольку какой-либо расчёт в договоре отсутствует.

Договор считается заключенным, если между сторонами достигнуто соглашение в требуемой форме по всем существенным условиям договора. 

Ст. 654 ГК РФ:

Договор аренды здания или сооружения должен предусматривать размер арендной платы. При отсутствии согласованного сторонами в письменной форме условия о размере арендной платы договор аренды здания или сооружения считается незаключенным.

Состав арендной платы определён ст. 614 ГК РФ и включает в себя все платежи, которые обязан производить арендатор. 

Боюсь, что это не совсем так. Арендная плата в договоре разбита на постоянную и переменную части, и в самом же договоре содержится указание на то, что фиксированная часть не включает коммунальные и эксплуатационные услуги. При этом переменная часть на то и переменная, что она зависит от множества факторов. Поэтому тут вряд ли будет все так однозначно.

В Постановлении Пленума Верховного Суда РФ от 18 апреля 2017 г. № 10 “О некоторых вопросах применения судами положений Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации и Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации об упрощенном производстве” содержатся разъяснения по поводу вопроса перехода из упрощенного порядка в общий:

33. Обстоятельства, препятствующие рассмотрению дела в порядке упрощенного производства, указанные в части четвертой статьи 232.2 ГПК РФ, части 5 статьи 227 АПК РФ (например, необходимость выяснения дополнительных обстоятельств или исследования дополнительных доказательств), могут быть выявлены как при принятии искового заявления (заявления) к производству, так и в ходе рассмотрения этого дела.

В случае выявления таких обстоятельств суд выносит определение о рассмотрении дела по общим правилам искового производства или по правилам производства по делам, возникающим из административных и иных публичных правоотношений, и указывает в нем действия, которые надлежит совершить лицам, участвующим в деле, и сроки совершения этих действий (часть пятая статьи 232.2 ГПК РФ, часть 6 статьи 227 АПК РФ). Такое определение не подлежит обжалованию.

Указанное определение может быть вынесено в том числе по результатам рассмотрения судом ходатайства участвующего в деле лица, указавшего на наличие одного из обстоятельств, предусмотренных пунктами 1 и 2 части четвертой статьи 232.2 ГПК РФ, пунктами 1-3 части 5 статьи 227 АПК РФ. Данное ходатайство может быть подано до окончания рассмотрения дела по существу.

Хотелось бы понять что именно указывалось в счетах и какое отношение имеют выставленные счета и содержание услуг к непосредственно зданию и чем это подтверждается.