Здравствуйте, мой сын поступил в университет в сентябре месяце

Здравствуйте. Вам надо писать претензию и требовать вернуть оставшуюся сумму. Пусть университет доказывает фактические расходы, учитывая, что 

установочная сессия, и экзамены, и лабораторные работы только лишь начинаются с февраля 2020 года согласно графика «экзаменационно- лабораторных сессий», а в индивидуальном учебном плане до января занятий нет, только с 09.01.2020г..

Александр

непонятно какие расходы понесло учебное заведение. Ст. 782 ГК РФ

1. Заказчик вправе отказаться от исполнения договора возмездного оказания услуг при условии оплаты исполнителю фактически понесенных им расходов.

Если претензия будет без ответа или отклонена — придётся уже обращаться в суд с иском.

Александр, добрый день.

а в индивидуальном учебном плане до января занятий нет, только с 09.01.2020г.

Александр

А индивидуальный учебный план был составлен с момента издания приказа о зачислении?

Момент в следующем, если такого рода плана не было — то формально за указанное время Ваш сын должен был проходить обучение.

В силу ст. 34 ФЗ «Об образовании в РФ»

1. Обучающимся предоставляются академические права на:
3) обучение по индивидуальному учебному плану, в том числе ускоренное обучение, в пределах осваиваемой образовательной программы в порядке, установленном локальными нормативными актами;

Соответственно порядок зачисления его на индивидуальное обучение определяется локальными актами вуза — поэтому можете уточнить вопрос в каком вузе он проходит обучение?