Здравствуйте, Алексей!
Считаю, что Вам должны выплачивать надбавку по высшему квалификационному уровню физической подготовленности.
Ваш вопрос урегулирован требованиями Приказа Министра Обороны Российской Федерации от 21 марта 2012 г. №500 «Об утверждении Правил выплати ежемесячной надбавки за особые достижения в службе военнослужащим, проходящим военную службу по контракту в Вооруженных Силах Российской Федерации».
Так, приказ определяет, что военнослужащим, выполнившим (подтвердившим) квалификационный уровень физической подготовленности, ежемесячная надбавка устанавливается на календарный год на основании приказа соответствующего командира (начальника) по результатам не менее двух проверок в прошедшем календарном году, одна из которых итоговая за год, контрольная или инспекторская проверка.
если имеются: — первый квартал — высший; — контрольная — высший ;
Сдача на высший уровень этих двух проверок, как раз подходит под условия выплаты надбавки по высшему квалификационному уровню.
Насчёт остальных результатов сдачи:
второй квартал — отпуск; инспекторская -второй уровень .
в Приказе ничего не сказано о том, что это как-то влияет на изменение квалификационного уровня и выплаты.
Приказ уже устарел с 2014 года.