Пересчёт среднего при выплате годовой премии

Здравствуйте Александр.

Здесь все зависит от оснований по которым производили перерасчет.

 Если Вы работаете в бюджетной организации это соответственно распоряжение соответствующего вышестоящего ведомства или органа, если же Вы работаете в организации не относящейся к бюджетной, такой перерасчет оформляется локальным актом самого работодателя к примеру положением, коллективным договором.

Уточните Вы работаете по трудовому договору и каким документом был утвержден порядок перерасчета?

В соответствии со статьей

ТК РФ Статья 135. Установление заработной платы

Заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда.
Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.

ТК РФ Статья 8. Локальные нормативные акты, содержащие нормы трудового права

Работодатели, за исключением работодателей — физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями, принимают локальные нормативные акты, содержащие нормы трудового права (далее — локальные нормативные акты)

При этом работодатель обязан работников знакомить под роспись с локальными актами касающимися их трудовой деятельности.

ТК РФ Статья 22. Основные права и обязанности работодателя

Работодатель обязан:
знакомить работников под роспись с принимаемыми локальными нормативными актами, непосредственно связанными с их трудовой деятельностью;

Отпуск, командировки которые были в 2019 году, пересчитали. Подлежит ли пересчёту 2018 год, отпускные и командировки которые были в 2018 году?

В целом перерасчет заработной платы, отпускных, командировочных  работникам возможен с учетом роста цен, уровня инфляции, что закрепляется коллективным договором в порядке статьи

ТК РФ Статья 41. Содержание и структура коллективного договора

Содержание и структура коллективного договора определяются сторонами.
В коллективный договор могут включаться обязательства работников и работодателя по следующим вопросам:механизм регулирования оплаты труда с учетом роста цен, уровня инфляции, выполнения показателей, определенных коллективным договором;

Следовательно если по определенным причинам это затронуло  2018 год,  за этот период также возможен перерасчет.