Излишне выплаченную зарплату можно вернуть только по заявлению работника. Исключение — счетная ошибка.
Счетная ошибка в зарплате — это ошибка в арифметических действиях. Например, вместо того, чтобы сложить, произвели умножение. Не являются счетными ошибками опечатка в платежке, выплата зарплаты дважды, неверное применение законодательства (Письмо Роструда от 01.10.2012 N 1286-6-1).
Случаи одностороннего удержания перечислены в ст.137 ТК РФ
Исходя из Ваших данных счетной ошибки не усматриваю поэтому вычет возможен только по письменному согласию работника.