Здравствуйте.
Снять с регистрационного учета (выписать из квартиры) в таком случае возможно через суд. Обращаться в суд должен собственник.
Обращайтесь с иском о признании утратившими право пользования жилым помещением, указывайте, что лица имеют регистрацию в жилом помещении, но фактически не проживают,
их регистрация в квартире нарушает права собственника, членами семьи собственника не являются.
Согласно положениям Федерального закона от 25.06.1993 № 5242-1 «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации», Правилам регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации, утвержденным постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 № 713, вступившее в законную силу решение суда о признании гражданина не приобретшим, утратившим (прекратившим) право пользования жилым помещением является основанием для снятия его с регистрационного учета по месту нахождения данного жилого помещения.