Николай!
В данном случае следует обратиться к утверждённым Постановлением Правительства РФ №55 от 19.01.98 Правилам продажи отдельных видов товаров..., согласно которым:
20. Договор считается заключенным в надлежащей форме с момента выдачи продавцом покупателю кассового или товарного чека или иного документа, подтверждающего оплату товара, если иное не предусмотрено федеральным законом или договором между продавцом и покупателем.
Таким образом, если у продавца нет возможности выдать покупателю кассовый чек, нет возможности и подтвердить заключение в установленном порядке договора розничной купли-продажи продовольственных товаров. В такой ситуации у продавца есть основания для того, чтобы приостановить передачу товаров по договору покупателю. Другое дело, что интересы покупателя не должны страдать от того, что продавец не смог обеспечить своевременную выдачу кассового чека. Если по имеющимся у Вас данным (СМС, например или иные данные о списании средств со счёта) оплата прошла, а чек Вам не нужен, можно настаивать на заключении договора и возникшей обязанности продавца передать Вам оплаченный товар.
Таким образом я полагаю, что Вы своё обязательство по оплате товара исполнили. Может быть это просто технический сбой между магазином и банком. Тогда уже они должны разбираться. Ст. 438 ГК РФ
3. Совершение лицом, получившим оферту, в срок, установленный для ее акцепта, действий по выполнению указанных в ней условий договора (отгрузка товаров, предоставление услуг, выполнение работ, уплата соответствующей суммы и т.п.) считается акцептом, если иное не предусмотрено законом, иными правовыми актами или не указано в оферте.
Думаю можно обратиться с соответствующей жалобой в Роспотребнадзор. Действия же магазина можно расценивать как одностронний отказ от сделки, который недопустим, поскольку, как я указал выше, своё обязательство по оплате Вы исполнили.