Здравствуйте!
Полагаю, время в пути может быть входить в рабочее время, если для вас установлен разъездной характер работы. Если такой характер работы не установлен, то нарушения нет. Во всяком случае формально.
Статья 168.1 ТК РФ в ч. 2 предусматривает, что перечень работ, профессий, должностей таких работников устанавливается коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами; кроме того, размеры и порядок возмещения указанных расходов могут также устанавливаться трудовым договором. То есть организация должна самостоятельно решать вопрос об отнесении работы по конкретной должности и профессии к работе, имеющей разъездной характер.
О том, что об изменении существенных условий труда, коллега уже писал. На такой режим работы и оплаты работодатель имел право перейти, предупредив за два месяца.