Здравствуйте.
Из вашего вопроса я понял, что сейчас земельный участок находится в долевой собственности двух наследников, наверное, по 1/2 доле в праве общей долевой собственности (размер долей то же может повлиять на ситуацию).
В случае, если дом будет оформляться в собственность до раздела земельного участка, то он должен оформляться в общую долевую собственность (есть принцип единства судьбы земельного участка и находящихся на нем строений).
Возможен вариант, когда разделяется дом на двух отдельных хозяев с отдельными выходами и без сохранения мест общего пользования. В судах по таким делам проводят строительно-технические экспертизы. Затем после раздела дома делится земельный участок (при этом линия раздела дома должна совпадать с линией раздела земельного участка). Такой вариант может быть только в рамках судебного процесса, так как дом вы не сможете «делить» до его юридического оформления.
Иногда удается мирное урегулирование спора, путем компенсаций, как вы пишите, если дом целиком останется на одном из участков (образовавшихся после раздела общего участка). Сначала нужно определиться - какое положение вещей в конечном итоге будет устраивать обоих наследников.
С Уважением Муханов Михаил Николаевич