Что делать, если командир воинской части требует выйти на службу?

Здравствуйте,  Константин.

В период обучения Вы считаетесь откомандированным.  Пусть Ваш отзывает Вас из командировки, если считает что Вы ему нужны.

Приложение
к приказу Министра обороны
Российской Федерации
от 30 декабря 2014 г. N 988

ИНСТРУКЦИЯ
ПО ОРГАНИЗАЦИИ НАПРАВЛЕНИЯ ВОЕННОСЛУЖАЩИХ ВООРУЖЕННЫХ СИЛ
РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ, ПРОХОДЯЩИХ ВОЕННУЮ СЛУЖБУ
ПО КОНТРАКТУ, В СЛУЖЕБНЫЕ КОМАНДИРОВКИ
НА ТЕРРИТОРИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

5. Командировки организуются на срок свыше 30 суток, но не более чем на один год, в следующих случаях:
м) направление военнослужащих на обучение с сохранением воинских должностей по месту военной службы на курсы (в учебные (спортивные) центры, для прохождения сборов) системы повышения квалификации и переподготовки кадров (в том числе в образовательные организации и подразделения системы повышения квалификации и переподготовки кадров — по дневной форме обучения);