Здравствуйте, Лариса!
К сожалению, ситуация не очень простая. В соответствии с положениями ст. 59 ТК РФ, срочный трудовой договор заключается на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, за которым в соответствии с трудовым законодательством сохраняется место работы, в данном случае — на период отсутствии работницы, ушедшей в декретный отпуск.
В соответствии со ст. 79 ТК РФ, трудовой договор, заключенный на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, прекращается с выходом этого работника на работу.
Подчеркну: речь идёт именно о конкретном трудовом договоре на выполнение обязанностей временно отсутствующего работника.
Поэтому данный договор должен быть прекращён, необходимо провести переговоры с администрацией о заключении другого договора, но законной обязанности заключить его у администрации нет.