Здравствуйте.
Поскольку увольняетесь вы не по сокращению штата или ликвидации организации, а по соглашению сторон, то выплаченная вам сумма не является компенсацией, предусмотренной трудовым законодательством. Если такая компенсация изначально не была предусмотрена ни вашим трудовым договором, ни коллективным договором, то НДФЛ уплачивается со всей суммы.
Согласно пункту 3 статьи 217 Кодекса освобождаются от обложения налогом на доходы физических лиц компенсационные выплаты, установленные законодательством Российской Федерации, связанные с увольнением работников, за исключением компенсации за неиспользованный отпуск, а также за исключением суммы выплат в виде выходного пособия, среднего месячного заработка на период трудоустройства, компенсации руководителю, заместителям руководителя и главному бухгалтеру организации в части, превышающей в целом трехкратный размер среднего месячного заработка или шестикратный размер среднего месячного заработка для работников, уволенных из организаций, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях.
Статьей 178 Трудового кодекса Российской Федерации (далее — Трудовой кодекс) установлены случаи выплаты выходных пособий при расторжении трудового договора и определены размеры выходных пособий, выплачиваемых в соответствующих случаях (части первая и третья).
При этом частью четвертой данной статьи предусмотрено право работодателя устанавливать трудовым договором или коллективным договором другие случаи выплаты выходных пособий, а также устанавливать повышенные размеры выходных пособий.
По мнению Департамента, на выплаты при увольнении сотрудника организации, не предусмотренные частями первой и третьей статьи 178 Трудового кодекса, а также не установленные коллективным договором организации, действие пункта 3 статьи 217 Кодекса не распространяется, и указанные доходы подлежат обложению налогом на доходы физических лиц в установленном порядке.
{Вопрос: Об НДФЛ в отношении компенсационных выплат, производимых работникам при увольнении. (Письмо Минфина России от 23.11.2016 N 03-04-06/69183) {КонсультантПлюс}}
Думаю, ваш работодатель не станет спорить с налоговым ведомством, которое подчиняется Минюсту и если вы хотите оспорить взыскание налога, то вам придется подавать иск к налоговому органу.
