Добрый день. Если Вы с указанным не согласны, то действовать надо как обычно в случае спора с заказчиком услуги. Вначале выставляете Претензию, которая должна быть предусмотрена Вашим контрактом (или это будет претензия в порядке ст. 4 АПК РФ). По истечение срока на рассмотрение претензии и при отсутствии поступлений денежных средств надо будет направить исковое заявление на взыскание долга вначале лицам, которые будут участвовать в Вашем деле (прежде всего ответчику — плательщику по контракту), а затем и в арбитражный суд по месту нахождения ответчика в Вашем споре. Требовать можете положенных денежных средств, а также неустойку, предусмотренную контрактом.
Федеральный закон от 05.04.2013 N 44-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд»
Статья 34. Контракт
...
5. В случае просрочки исполнения заказчиком обязательств, предусмотренных контрактом, а также в иных случаях неисполнения или ненадлежащего исполнения заказчиком обязательств, предусмотренных контрактом, поставщик (подрядчик, исполнитель) вправе потребовать уплаты неустоек (штрафов, пеней). Пеня начисляется за каждый день просрочки исполнения обязательства, предусмотренного контрактом, начиная со дня, следующего после дня истечения установленного контрактом срока исполнения обязательства. Такая пеня устанавливается контрактом в размере одной трехсотой действующей на дату уплаты пеней ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от не уплаченной в срок суммы. Штрафы начисляются за ненадлежащее исполнение заказчиком обязательств, предусмотренных контрактом, за исключением просрочки исполнения обязательств, предусмотренных контрактом. Размер штрафа устанавливается контрактом в виде фиксированной суммы, определенной в порядке, установленном Правительством Российской Федерации.
...
До тех пор, пока суд не признает торги, проведенными с нарушениями, а значит недействительными (ст. 449 ГК РФ), подобное поведение казначейства не может быть для Вас законным и справедливым.
Вам также необходимо обратиться к условиям контракта, согласно которому должен быть отражен порядок оплаты работ администрацией, их районное финуправление стороной по контракту не является, поэтому его исполнение не должно зависеть от их согласования, которое к тому же должно было быть достигнуто ранее до его заключения, т.е. здесь либо присутствует упущение этого момента администрацией т.к. финансирование муниципальных заказов осуществляется из местного бюджета муниципальными финорганами, либо дополнительные «проволочки» создаются финуправлением, в любом случае Вас это не должно касаться, это их ведомственные разбирательства, которые не должны ущемлять Ваши права и интересы.