Здравствуйте Денис.
В первую очередь, для рассмотрения тех гарантий, которые закреплены за государственными гражданскими служащими при расторжения служебного контракта по инициативе работодателя, необходимо обратиться к положениям федерального законодательства о государственной гражданской службе.
Так, согласно
Федеральный закон от 27.07.2004 N 79-ФЗ (ред. от 26.07.2017) «О государственной гражданской службе Российской Федерации»
Статья 37. Расторжение служебного контракта по инициативе представителя нанимателя
1. Служебный контракт может быть расторгнут представителем нанимателя, а гражданский служащий освобожден от замещаемой должности гражданской службы и уволен с гражданской службы в случае:
8.2) сокращения должностей гражданской службы в государственном органе;
Статья 31. Отношения, связанные с гражданской службой, при сокращении должностей гражданской службы или упразднении государственного органа
1. При сокращении должностей гражданской службы или упразднении государственного органа государственно-служебные отношения с гражданским служащим продолжаются в случае предоставления гражданскому служащему, замещающему сокращаемую должность гражданской службы в государственном органе или должность гражданской службы в упраздняемом государственном органе, с его письменного согласия иной должности гражданской службы в том же государственном органе или в государственном органе, которому переданы функции упраздненного государственного органа, либо в другом государственном органе с учетом:
1) уровня его квалификации, специальности, направления подготовки, продолжительности стажа гражданской службы или работы по специальности, направлению подготовки;
2) уровня его профессионального образования, продолжительности стажа гражданской службы или работы по специальности, направлению подготовки при условии получения им дополнительного профессионального образования, соответствующего области и виду профессиональной служебной деятельности по предоставляемой должности гражданской службы.
2. О предстоящем увольнении в связи с сокращением должностей гражданской службы или упразднением государственного органа гражданский служащий, замещающий сокращаемую должность гражданской службы в государственном органе или должность гражданской службы в упраздняемом государственном органе, предупреждается представителем нанимателя персонально и под роспись не менее чем за два месяца до увольнения.
3. В течение срока, указанного в части 2 настоящей статьи, в государственном органе может проводиться внеочередная аттестация гражданских служащих в соответствии со статьей 48 настоящего Федерального закона. По результатам внеочередной аттестации гражданским служащим, имеющим преимущественное право на замещение должности гражданской службы, могут быть предоставлены для замещения иные должности гражданской службы, в том числе в другом государственном органе.
4. Преимущественное право на замещение должности гражданской службы предоставляется гражданскому служащему, который имеет более высокую квалификацию, специальность, направление подготовки, соответствующие области и виду его профессиональной служебной деятельности, большую продолжительность стажа гражданской службы или работы по специальности, направлению подготовки и более высокие результаты профессиональной служебной деятельности.
5. Представитель нанимателя государственного органа, в котором сокращаются должности гражданской службы, или государственного органа, которому переданы функции упраздненного государственного органа, обязан в течение двух месяцев со дня предупреждения гражданского служащего об увольнении предложить гражданскому служащему, замещающему сокращаемую должность гражданской службы в государственном органе или должность гражданской службы в упраздняемом государственном органе, все имеющиеся соответственно в том же государственном органе или в государственном органе, которому переданы функции упраздненного государственного органа, вакантные должности гражданской службы с учетом категории и группы замещаемой гражданским служащим должности гражданской службы, уровня его квалификации, его специальности, направления подготовки, стажа гражданской службы или работы по специальности, направлению подготовки, а в случае отсутствия таких должностей в указанных государственных органах может предложить вакантные должности гражданской службы в иных государственных органах в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации.
6. В случае отказа гражданского служащего от предложенной для замещения иной должности гражданской службы, в том числе в другом государственном органе, при сокращении должностей гражданской службы или упразднении государственного органа гражданский служащий освобождается от замещаемой должности гражданской службы и увольняется с гражданской службы. В этом случае служебный контракт прекращается при сокращении должностей гражданской службы в соответствии с пунктом 8.2 части 1 статьи 37 настоящего Федерального закона и при упразднении государственного органа в соответствии с пунктом 8.3 части 1 статьи 37 настоящего Федерального закона.
7. Представитель нанимателя с письменного согласия гражданского служащего вправе расторгнуть с ним служебный контракт до истечения срока, указанного в части 2 настоящей статьи, выплатив ему дополнительную компенсацию в размере сохраняемого денежного содержания, исчисленного пропорционально времени, оставшемуся до истечения срока предупреждения об увольнении.
Т.е. согласно законодательству, у Вас, при наличии условий, предусмотренных частью 4 статьи 31 закона, имеется преимущественное право на замещение должности гражданской службы, но здесь вопрос скорее всего будет спорным со стороны представителя нанимателя, следовательно, придется обращаться в суд за защитой.
При этом, представитель нанимателя обязан по закону предложить Вам другую должность отвечающую Вашим профессиональным характеристикам, в данном государственном органе, но при наличии вакантных должностей, из чего следует, что если вакантных должностей нет, то и нарушений Ваших прав со стороны представителя нанимателя не будет, если же такие должности имеются на момент сокращения и представитель нанимателя Вам их не предложил, это уже будет нарушение федерального закона и здесь свои права возможно отстоять, в т.ч. и в судебном порядке.
Также работодатель может предложить вакантные должности в другом государственном органе, но это положение закона не обязывает его это делать, об этом свидетельствует именно определение — может (но не обязан).
В отношении вопроса, касающегося стаж необходимого для назначения пенсии за выслугу лет, необходимо обратиться к положениям, регулирующим данный порядок.
Т.к. в Вашем случае речь идет о федеральном ведомстве. соответственно периоды подлежащие включению в стаж госслужбы указаны в действующем в настоящее время:
УКАЗ
ПРЕЗИДЕНТА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
О перечне должностей, периоды службы (работы) в которых включаются в стаж государственной гражданской службы для назначения пенсии за выслугу лет федеральных государственных гражданских служащих
(с изменениями на 16 января 2017 года)
http://docs.cntd.ru/document/9...
Между тем, данным указом не приводятся периоды работы в НИИ, которые подлежат включению в стаж государственной гражданской службы, данный период может быть включен лишь в случае, если занимаемая в указанный период должность являлась должностью государственного гражданского служащего, или в случае, если данный период работы проходил в СССР и при этом организация, учреждение, осуществляло в соответствии с законодательством СССР и союзных республик отдельные функции государственного управления с подчинением конкретному министерству или ведомству либо созданных ими, что придется доказывать, в т.ч. и в судебном порядке, а также в случае если к примеру должность специалиста в учреждении или организации, опыт и знание работы в которых, были в дальнейшем необходимы для исполнения обязанностей по замещаемой должности федеральной государственной гражданской службы:
Перечень должностей, периоды службы (работы) в которых включаются в стаж государственной гражданской службы для назначения пенсии за выслугу лет федеральных государственных гражданских служащих
УТВЕРЖДЕН
Указом Президента
Российской Федерации
от 20 сентября 2010 года N 1141
(с изменениями на 16 января 2017 года)
1. Государственные должности Российской Федерации.
2. Государственные должности субъектов Российской Федерации.
17. Должности руководителей, специалистов и служащих, выборные должности, замещаемые на постоянной основе, в органах государственной власти и управления, организациях и учреждениях, осуществлявших в соответствии с законодательством СССР и союзных республик отдельные функции государственного управления, по 31 декабря 1991 года, в том числе:
г) в министерствах и ведомствах СССР, союзных и автономных республик и их органах управления на территории СССР — в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации;
з) в аппаратах управления государственных объединений союзного, союзно-республиканского и республиканского подчинения, государственных концернов, ассоциаций, иных государственных организаций, созданных решениями Совета Министров СССР или Советов Министров (правительств) союзных республик, — в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации;
20. Отдельные должности руководителей и специалистов на предприятиях, в учреждениях и организациях, опыт и знание работы в которых были необходимы федеральным государственным гражданским служащим для исполнения обязанностей по замещаемой должности федеральной государственной гражданской службы, — в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации.
Периоды работы в указанных должностях в совокупности не должны превышать пять лет.
http://docs.cntd.ru/document/9...
Это, скорее всего, речь об Указе Президента от 20.09.2010 N 1141 «О перечне должностей, периоды службы (работы) в которых включаются в стаж государственной гражданской службы для назначения пенсии за выслугу лет федеральных государственных гражданских служащих».
Там есть такое положение:
То есть речь о том, что если должность в НИИ по своим функциональным обязанностям пересекалась с полномочиями по вашей должности в Министерстве, то вам этот период может быт зачтен в порядке, определяемом Правительством РФ.
Вот только с порядком как-то все тяжело — не могу его найти. Есть ли он — неизвестно.
Вам нужно руководствоваться перечнем из президентского Указа 1141 (это максимальный перечень). В частности, вы можете поступить на гражданскую службу субъекта Российской Федерации, муниципальную службу и др. (в списке 19 позиций).
Привожу ниже список: