Покупали квартиру, продают нежилое помещение, как оптимизировать налоги?

Здравствуйте!

поскольку жилое помещение переведено в нежилое + сдается в аренду, то ФНС вполне может посчитать такую деятельность предпринимательской и отказать Вам в налоговом имущественном вычете

4) если иное не предусмотрено подпунктом 2.1 или 2.2 настоящего пункта, положения подпункта 1 пункта 1 настоящей статьи не применяются в отношении доходов, полученных:
от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности;

от реализации ценных бумаг;

и не принимать во внимание минимальный срок владения недвижимостью

17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период:
от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе с учетом особенностей, установленных статьей 217.1 настоящего Кодекса;
от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от реализации ценных бумаг, а также на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;