Добрый день. Само отсутствие договора аренды не означает, что земельным участком можно пользоваться бесплатно. Поскольку принадлежащее вам помещение находится в здании на городской земле, уполномоченный орган вправе потребовать плату за фактическое пользование участком как неосновательное обогащение по статьям 1102 и 1105 ГК РФ. Требование за последние три года в целом укладывается в общий срок исковой давности.
Однако выставленная сумма не обязательно рассчитана правильно. При наличии нескольких собственников помещений плата должна определяться с учётом вашей доли, площади принадлежащего вам помещения, площади всего здания, фактически необходимого для эксплуатации участка, периода владения и ставок, установленных региональным или муниципальным нормативным актом. Взыскивать с одного собственника плату за весь участок без учёта остальных владельцев, как правило, неправомерно. Собственники помещений также имеют право совместно оформить участок в аренду или собственность по статье 39.20 ЗК РФ.
Отдельно нужно проверить, что именно министерство назвало «штрафом». Если это административный штраф, должно быть отдельное постановление о привлечении к ответственности с указанием состава нарушения. Если это пени или проценты за пользование чужими денежными средствами, необходимы законное основание, период и подробный расчёт. Простого включения произвольного штрафа в счёт недостаточно.
До оплаты следует письменно запросить кадастровый номер и площадь участка, правовое основание начислений, применённую ставку, формулу расчёта, вашу долю, период задолженности и документ, на основании которого начислен штраф. После проверки расчёт можно оспорить полностью или частично. Могу изучить счета, расчёт министерства и выписки ЕГРН, после чего подготовить мотивированные возражения.