Вячеслав, добрый вечер!
В случае, когда лицо добровольно возвращается в часть (к месту службы) до окончания срока, в течение которого оно намеревалось самовольно отсутствовать, содеянное подлежит квалификации по соответствующим частям ст. 337 Уголовного кодекса РФ в зависимости от фактической продолжительности самовольного отсутствия. Если при этом лицо находилось вне части (места службы) не свыше 2 суток (для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, — не свыше 10 суток), содеянное не является уголовно наказуемым, а признается грубым дисциплинарным проступком.
Если Вы будете отсутствовать на службе не более 10 суток, данное деяние будет квалифицироваться как грубый дисциплинарный проступок, который в соответствии с Дисциплинарным уставом ВС РФ подразумевает дисциплинарную ответственность (выговор, строгий выговор и т.д.), но так на долго лучше не пропадать!)
В случае рассмотрения Вашего рапорта на увольнение по собственному желанию и положительного решения-увольнение будет по положительному основанию, в случае систематических невыходов на службу — разница может быть в том, что Вас могут уволить по несоблюдению условий контракта, а это отрицательное основание.
В любом случае, если Вами принято решение уволиться-Вас ждет увольнение.