Работы выполнены, выполнение подписано, оплата за работы не производится

Вы можете начислять дополнительно по ст.395 ГК РФ, так как то, что у Вас указано в договоре это договорная неустойка, а по 395 начисляется вне зависимости от договора.

По второй части вопроса — есть норма ГК РФ  про убытки — так называемое возмещение убытков

Статья 15. Возмещение убытков

1. Лицо, право которого нарушено, может требовать полного возмещения причиненных ему убытков, если законом или договором не предусмотрено возмещение убытков в меньшем размере.

2. Под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).

Если лицо, нарушившее право, получило вследствие этого доходы, лицо, право которого нарушено, вправе требовать возмещения наряду с другими убытками упущенной выгоды в размере не меньшем, чем такие доходы.

См. Временную методику определения размера ущерба (убытков), причиненного нарушениями хозяйственных договоров, сообщенную письмом Госарбитража СССР от 28 декабря 1990 г. N С-12/НА-225

правда ссылка на данную методику должна быть в договоре. Убытки нужно очень обоснованно доказывать документами - 

Еть разъяснения суда по данному вопросу-

ПЛЕНУМ ВЕРХОВНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИN 6ПЛЕНУМ ВЫСШЕГО АРБИТРАЖНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИN 8ПОСТАНОВЛЕНИЕот 1 июля 1996 года

 10. При разрешении споров, связанных с возмещением убытков, причиненных гражданам и юридическим лицам нарушением их прав, необходимо иметь в виду, что в состав реального ущерба входят не только фактически понесенные соответствующим лицом расходы, но и расходы, которые это лицо должно будет произвести для восстановления нарушенного права (пункт 2 статьи 15 ГК). Необходимость таких расходов и их предполагаемый размер должны быть подтверждены обоснованным расчетом, доказательствами, в качестве которых могут быть представлены смета (калькуляция) затрат на устранение недостатков товаров, работ, услуг; договор, определяющий размер ответственности за нарушение обязательств, и т.п.
     11. Размер неполученного дохода (упущенной выгоды) должен определяться с учетом разумных затрат, которые кредитор должен был понести, если бы обязательство было исполнено. В частности, по требованию о возмещении убытков в виде неполученного дохода, причиненных недопоставкой сырья или комплектующих изделий, размер такого дохода должен определяться исходя из цены реализации готовых товаров, предусмотренной договорами с покупателями этих товаров, за вычетом стоимости недопоставленного сырья или комплектующих изделий, транспортно-заготовительских расходов и других затрат, связанных с производством готовых товаров.

Есть ХОРОШАЯ МОНОГРАФИЯ С ПРИМЕРАМИ — Б.Д.Завидов- ответственность предпринимателей и юридических лиц в обязательствах м.2000.

В ней сжато картко и доступно все изложено как взыскать убытки  с примерами из жизни.

для понимания вопроса в интеренете можите найти примеры судебных решений арбитражных судов по взысканию убытков. Что бы решить ваш вопрос вам нужен толковый юрист и финансист. есть вопросы задавайте

Во-первых, судя по сложным расчётам, включающим в себя взаимозачёты, Ваш юрист уже произвёл расчёт как по договорной пени, так и по ст.395 ГК РФ. Но чтобы проверить перерасчёт (сумма что-то маленькая получается), легче в чат за платной консультацией обратиться. А что касается остального, то вряд ли получится что-то взыскать, ведь у Вас наверняка не один должник, невыплаты которого привели к такой ситуации, ведь любая предпринимательская деятельность связана с рисками невыплат.   

 Добрый день, Сергей.

 Ко всему вышеуказанному добавлю, что требовать одновременно договорную пеню и деньги за пользование чужими средствами нельзя. У Вас пеня по сути и является таким штрафом с ограничением в 5%, Вы можете отказаться от требования договорной пени в пользу процента за пользование чужими средствами, что попросту уберет 5% порог.

 Помимо основного долга и пени или процента за пользование, Вы можете требовать возмещения упущенной выгоды, (я выделил жирным на что обратить нимание):

Ст. 15 ГК РФ

2. Под убытками понимаются расходы, которые лицо, чье право нарушено, произвело или должно будет произвести для восстановления нарушенного права, утрата или повреждение его имущества (реальный ущерб), а также неполученные доходы, которые это лицо получило бы при обычных условиях гражданского оборота, если бы его право не было нарушено (упущенная выгода).

С уважением. Александр.

Проценты за пользование чужими денежными средствами (ст.395 ГК РФ) вы можете взыскать, если в Вашем договоре указано, что убытки взыскиваются сверх неустойки