Здравствуйте,
Законодательство лишь обязывает контрагента оформлять первичные документы при непосредственном совершении факта хозяйственной деятельности.
Если у контрагента имеются в наличии вторые экземпляры с подписями с Вашей стороны, значит, документы были выставлены своевременно и претензий к нему быть не может.
Предоставлять же дубликаты — право, но не обязанность, в связи с чем, контрагент вправе назначать цену за свои услуги по предоставлению дубликатов, поскольку несет определенные временные, трудовые и материальные затраты на их изготовление.
А вот утрата документов свидетельствует лишь о несоблюдении порядка их хранения с Вашей стороны, поскольку каждая организация обязана хранить бухгалтерские документы, и обеспечить хранение документов в организации должен ее руководитель.
Отсутствие же бухгалтерских документов (например, по причине их утраты) признается грубым нарушением правил ведения учета доходов и расходов, за которое предусмотрена ответственность.