ИП на общих основаниях вместо УСН, что делать?

в соответствии с НК РФ Вы вправе перести с одной системы налогоображения на другую в течение определенного срока и при наличии определенных условий. Могу помочь с офоромлением за плату.  

Илья, здравствуйте!

Вам нужно проверить расписку о принятии документов на регистрацию (если она сохранилась), вдруг там в перечне поданных на регистрацию документов все-таки окажется это заявление. 

Если этого заявления там не будет, то рекомендую Вам ознакомиться со следующими положениями Налогового кодекса в главе об НДС:

ст. 145 НК РФ:

1. Организации и индивидуальные предприниматели имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога (далее в настоящей статье — освобождение), если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) этих организаций или индивидуальных предпринимателей без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей.

...

3.

Лица, использующие право на освобождение, должны представить соответствующее письменное уведомление и документы, указанные в пункте 6 настоящей статьи, которые подтверждают право на такое освобождение, в налоговый орган по месту своего учета.

Указанные уведомление и документы представляются не позднее 20-го числа месяца, начиная с которого эти лица используют право на освобождение.

Форма уведомления об использовании права на освобождение утверждается Министерством финансов Российской Федерации.

Если Вы не подпадаете под ограничения, предусмотренные ст. 145 НК РФ, в частности ч. 2 (ознакомьтесь со статьей полностью), то Вы можете освободиться от обязанности уплачивать НДС на будущее. 

С уважением, Евгения Дударева.