Соглашаться не стоит. Ваш «хозяин» решил вас обмануть. Никакой такой программы «каникул для ИП» нет. Если вы являетесь работником компании, то должны быть оформлены как сотрудник по трудовому договору со всеми вытекающими в виде положенного отпуска, больничных, страховых взносов, уплаты налогов - и за все это отвечает работодатель.
Если вы будете работать как ИП, то никаких обязательств перед вами у работодателя не будет (кроме оплаты по договору между ИП и юр.лицом).
Причем если уволить сотрудника можно только по веским основаниям, указанным в законе, то договор с ИП можно будет расторгнуть очень легко.
При этом все страховые взносы, налоги и отчетность ИП осуществляет самостоятельно. Поэтому избавлять от лишних выплат работодатель собирается себя, а не вас.