Олег, добрый день!
Снять сестру с регистрационного учета возможно только путем обращения в суд с исковым заявлением.
Поскольку, как Вы указываете в вопросе, она никогда не вселялась в квартиру, то Вам необходимо подать исковое заявление о признании сестры не приобретшей право пользования квартирой.
Если же она всё-таки не только была зарегистрирована в квартире по месту жительства, но и вселялась в неё фактически (хотя бы на один день), то следует подать иск о признании утратившей право пользования.
Основанием в первом случае будут статьи 69, 70 Жилищного кодекса РФ.
Во втором случае — ч. 3 ст. 83 ЖК РФ.