Правомерно ли лишение премии при работе по ГПХ из-за количества смен?

Здравствуйте, Анастасия!

Для ответа на Ваш вопрос необходимо проанализировать договор, который с Вами заключён.

Без анализа  могу сказать лишь, что поскольку с Вами заключён договор гражданско-правового характера (ГПХ) Вы не считаетесь работником организации, следовательно, внутренние правила трудового распорядка и другие трудоправовые акты заказчика на Вас не распространяются.

Если Вам необходимо подготовить документы, либо у Вас ещё имеются вопросы — напишите мне в чат.

Удачи Вам!

В целом — да, но само по себе количество смен — не автоматический повод для лишения премии, всё зависит от того, как этот момент прописан в вашем договоре и в правилах компании. 
Когда человек работает по гражданско-правовому договору (ГПХ), он не состоит в трудовых отношениях с заказчиком. Его вознаграждение обычно фиксировано за конкретный объём работ или услуг. Премия в такой ситуации — не обязательная часть оплаты, а дополнительное поощрение за добросовестное выполнение взятых на себя обязательств. И вот тут ключевое: если в самом договоре ГПХ или в приложении к нему (например, в правилах компании) прямо указано, что за невыполнение объёма (в том числе за недостаточное количество смен) премия не выплачивается — тогда лишение правомерно. 
А вот если в договоре просто сказано «вы работаете столько-то смен», а про премии вообще ни слова — лишать нечего, ведь нет закреплённого условия. В такой ситуации заказчик просто не обязан выплачивать бонус сверх оговорённой цены за результат.
А если речь о трудовом договоре?
Тут логика похожая, но есть нюанс. Если премия закреплена в трудовом договоре как часть системы оплаты труда (например, есть положение о премировании с чёткими KPI), то работодатель не может просто так её отменить — нужно, чтобы сотрудник действительно не выполнил условия, прописанные в документах. И даже в этом случае есть ограничение: если депремирование связано с дисциплинарным взысканием, размер снижения не может уменьшать месячную зарплату более чем на 

Что проверить в конкретной ситуации?
Договор и сопутствующие документы. Откройте договор ГПХ и все приложения к нему. Есть ли там пункт о премировании? Если да — изучите, какие именно показатели для её начисления указаны.
Чёткость критериев. Убедитесь, что формулировки не допускают двоякого толкования. Например, если написано «недостаточное количество смен», но не оговорено, какой именно объём считается достаточным — это повод для спора.
Документальное оформление. Если премия всё-таки предусмотрена внутренними документами, а вам её не начислили, запросите приказ или распоряжение, где прямо указаны основания.

Прежде чем спорить о премии, стоит проверить, действительно ли у вас ГПХ: от этого зависит, по каким правилам решается спор. По вашему описанию вы работаете сменами, у вас есть начальство, на время отъезда вы сами искали себе замену, а премию снижают по внутреннему документу компании. Это признаки трудовых отношений, и суд оценивает их по фактическому содержанию, а не по названию договора, причём неустранимые сомнения толкуются в пользу трудовых отношений (ст. 15, 19.1 ТК РФ).

Если отношения трудовые, документ, принятый задним числом, к уже отработанному месяцу не применяется: локальный акт действует в отношении прав и обязанностей, возникших после его введения (ст. 12 ТК РФ). Если это действительно ГПХ, размер вознаграждения определяется договором, и изменить его в одностороннем порядке заказчик не вправе (ст. 310 ГК РФ).

Что написано в вашем договоре об оплате: фиксированная сумма за смену или оплата плюс премия по правилам компании, и кто составляет график смен? От этого зависит, требовать премию по договору или ставить вопрос о признании отношений трудовыми.