Здравствуйте.
Нет, налог в Вашей ситуации считается не от разницы между ценой покупки и продажи. По выписке помещение имеет назначение «нежилое», поэтому исключение, которое сохраняет освобождение по сроку владения для квартир, жилых домов и комнат даже при их использовании в бизнесе, к нему не относится. Раз апартаменты сдавались через Ваше ИП, освобождение не действует ни через 3, ни через 5 лет (абз. 4 п. 17.1 ст. 217 НК РФ). Уменьшить такой доход по НДФЛ на расходы на покупку или на вычет 250 000 руб. тоже нельзя (пп. 4 п. 2 ст. 220 НК РФ ). При обложении НДФЛ базой будет вся цена договора.
Итоговый налог зависит от режима Вашего ИП. На УСН «доходы» такую продажу, как правило, облагают в рамках УСН по ставке режима со всей цены, обычно это 6 %, что выгоднее НДФЛ. На УСН «доходы минус расходы» и на общем режиме стоимость покупки может уменьшать базу в порядке, установленном для этих режимов. Патент продажу не покрывает. Крупная сумма сделки может превысить лимит доходов по УСН и порог освобождения от НДС, поэтому это нужно просчитать до подписания договора.
Законная оптимизация сводится к трём вещам: выбрать режим ИП, выбрать момент сделки с учётом того, что объект УСН по общему правилу меняется только с нового года, и собрать документы о расходах на покупку, если режим позволяет их учесть. Ожидание пяти лет и закрытие ИП перед продажей налог не снимают, потому что значение имеет сам факт использования помещения в предпринимательской деятельности.
Напишите, какой режим налогообложения у Вашего ИП и какова примерная цена продажи: от этого зависят ставка, возможность учесть расходы и риск НДС.
Детальные дальнейшие консультации в личных сообщениях через сервис на договорной основе.