Не подписывайте заявление на повторный год только потому, что его требует директор, пока не получите документы и не определите подходящий вариант обучения. По ч. 9 ст. 58 Закона № 273-ФЗ при неликвидированной задолженности выбор предусматривает повторное обучение, адаптированную программу при рекомендациях ПМПК либо индивидуальный учебный план; он относится к усмотрению родителей.
Сначала запросите школьное положение об аттестации, основание годовой двойки, приказы о сроках двух пересдач, задания, результаты и состав комиссии на второй попытке. ВПР не следует автоматически приравнивать к самостоятельному решению о переводе: нужно проверить, как её результат использован по действующим школьным правилам. Две попытки предоставляются в сроки школы в пределах года; это не означает обязательного ожидания полного года, но процедура должна соблюдаться.
Существенно и противоречие дат: Вы пишете о двух пересдачах в сентябре и приказе уже 3 сентября. Уточните реальные даты и были ли обе попытки до приказа. Если нарушения подтвердятся, подайте директору мотивированные возражения и заявление о пересмотре, затем обращайтесь в орган образования или комиссию по урегулированию споров. Для ребёнка параллельно организуйте психологическую поддержку, не превращая обсуждение задолженности в наказание.