Теоретически доначисление возможно, но не просто потому, что после ввоза изменились правила. Если расчет утилизационного сбора был подан в феврале 2026 года и коммерческий сбор исчислен и уплачен полностью по действовавшим тогда правилам, последующее изменение ставок само по себе не должно пересчитывать уже исполненную обязанность задним числом. Для автомобиля, который при ввозе из государства ЕАЭС не подлежал повторному таможенному декларированию в России, постановление Правительства РФ от 26.12.2013 № 1291 связывает применяемые правила с днем подачи расчета утилизационного сбора в российский таможенный орган.
Однако ФТС вправе проверить правильность первоначального расчета и взыскать недоимку, если были указаны неверные характеристики автомобиля, дата выпуска, категория, мощность или объем двигателя, не подтверждены цена и таможенные платежи в Киргизии либо неправильно применена формула для транспортного средства, выпущенного в свободное обращение в другом государстве ЕАЭС. Наличие действующего ЭПТС и регистрация в Госавтоинспекции подтверждают прохождение оформления, но сами по себе не исключают последующую проверку правильности уплаты по статье 24.1 Федерального закона № 89-ФЗ и постановлению № 1291.
Сохраните расчет утильсбора с отметкой таможни, платежное поручение или квитанцию, киргизскую таможенную декларацию, договор, инвойс и подтверждение оплаты автомобиля, а также выписку из ЭПТС. Если поступит требование о доплате, оно должно содержать правовое основание и расчет: сначала запросите материалы проверки и сверку платежа в таможне, принявшей расчет. Без этих документов нельзя оценить законность конкретного доначисления. По описанным вами обстоятельствам риск ниже, если действительно применена коммерческая, а не льготная ставка и таможенные сведения были достоверными.