Что делать, если бывший сотрудник ИП подал в суд из-за задолженности по зарплате?

Здравствуйте, Екатерина! Судебный иск не отменяет вашу обязанность выплатить работнице фактически начисленную зарплату: финансовые трудности, долги по аренде, коммунальным услугам и договорённость «подождать» не освобождают работодателя от выплаты не реже чем каждые полмесяца. Также работница может взыскать компенсацию за задержку, за каждый день просрочки.
Не игнорируйте суд: получите копию иска, подготовьте письменные возражения и приложите трудовой договор, табели, расчётные листки, банковские переводы, расписки о частичных выплатах и свой расчёт остатка долга. Просите зачесть все уже перечисленные суммы.
Если долг признаёте, предложите работнице письменное мировое соглашение с точной суммой, датами платежей и компенсацией за задержку. Обещания «заплачу, когда смогу» юридически недостаточны.
Если денег сейчас действительно нет, всё равно фиксируйте частичные платежи с назначением: «заработная плата за _ месяц», а не просто переводы без пояснений.
Отдельно оформите отсутствие работницы. Если она не выходит без уважительной причины весь день или более 4 часов подряд, это может быть прогул, но увольнять можно только при строгом соблюдении процедуры: акты об отсутствии, письменный запрос объяснений, ожидание объяснений и приказ. Самостоятельно удерживать из зарплаты долг или «штрафовать» за прогул нельзя.
Если у вас не было официального трудового оформления, риск выше: суд может признать трудовые отношения по переписке, графикам, переводам и свидетельским показаниям, а также взыскать зарплату и компенсацию. 

Екатерина!

Если рссуждать с формальной точки зрения, то у вас с ней возникли трудовые отношения (если по сути она была постоянным работником), а потому она вправе требовать оплаты своего труда в полном объёме. Если договориться у вас не получается, она может обратиться в суд и потребовать взыскания задолженности по оплате труда, лучше с ней рассчитаться, если есть такая возможность.

Если Вам необходима дополнительная консультация либо помощь в составлении письменных документов, можете обратиться в мой чат, по правилам сайта услуги в чате платные.

Всего доброго!

Правовая оценка ситуации

Приоритет трудовых выплат: По трудовому законодательству РФ выплата заработной платы является безусловной обязанностью работодателя (ст. 22, 136 ТК РФ). Оплата аренды, коммунальных услуг, налогов или расчетов с поставщиками не дает права задерживать выплаты работникам.
Устные договоренности: Согласие сотрудницы «подождать» или получить деньги позже не имеет юридической силы, так как любые соглашения, ухудшающие положение работника по сравнению с законом, ничтожны (ст. 9 ТК РФ).
Право на приостановку работы: При задержке выплаты зарплаты на срок более 15 дней работник имеет законное право приостановить работу до полной выплаты долга (ст. 142 ТК РФ).
Ответственность работодателя: За каждый день задержки начисляется обязательная денежная компенсация по ст. 236 ТК РФ, а также работник вправе требовать компенсацию морального вреда (ст. 237 ТК РФ).
Что делать прямо сейчас

Соберите и структурируйте все подтверждения выплат:

Сделайте выгрузку всех банковских чеков и выписок по переводам на карту сотрудницы.
Соберите расписки или ведомости (если часть денег передавалась наличными).
Составьте единую таблицу-сверку: начислено — фактически выплачено (с датами) — остаток задолженности.
Ознакомьтесь с исковыми требованиями в суде:

Получите в суде копию искового заявления и приложенных к нему расчетов.
Сопоставьте заявленную сумму долга с вашими фактическими платежами. Если сотрудница не учла частичные выплаты, подготовьте письменные возражения (отзыв) на иск (ст. 149 ГПК РФ) с приложением платежных документов.
Предложите заключить мировое соглашение:

Согласно ст. 39 ГПК РФ, стороны вправе окончить дело мировым соглашением.
Предложите суду и истице утвердить график постепенного погашения реального остатка долга (на несколько месяцев). Утвержденное судом мировое соглашение остановит судебный спор и зафиксирует посильные для вас платежи.
Минимизируйте дополнительные риски:

Если сотрудница работала без официального трудового договора, в суде она также может потребовать установить факт трудовых отношений. В этом случае добровольное признание реального отработанного периода и согласование мирового соглашения поможет избежать передачи материалов в трудовую инспекцию (ст. 5.27 КоАП РФ) или прокуратуру.
Рад был помочь разобраться в вопросе, буду очень признателен, если выделите пару секунд и оставите свой положительный отзыв.