Здравствуйте, Роман!
На время отпуска без сохранения зарплаты IT-отсрочка, сохраняется, если трудовой договор продолжает действовать и Вы по-прежнему числитесь работником аккредитованной IT-организации. Сам отпуск «за свой счет» трудовые отношения не прекращает (ст. 128 ТК РФ).
Более того, по п. 5 Правил, утв. Постановлением Правительства РФ № 490, работодатель обязан сообщить военкомату именно об увольнении работника в течение 5 дней.
Отсрочка предоствляется «на период работы» в аккредитованной организации (п. 2 Указа Президента РФ № 83).
Что касается требования о стаже, то сейчас необходимо иметь не менее 334 дней работы в течение предшествующего года. Постановление № 490 прямо не устанвливает, что дни отпуска без сохранения зарплаты из этих 334 дней исключаются. Поскольку трудовой договор в отпуске продолжает действовать, основания считать, что двухмесячный отпуск автоматически прерывает эти 334 дня, я не вижу.
Но есть более существнный момент, это то что на дату предоставления отсрочки Вы должны продолжать работать в аккредитованной IT-компании. Поэтому если Вы сейчас подпишете соглашение об увольнении через два месяца, то до даты увольнения отсрочка должна сохраняться, а с даты фактического увольнения основание для IT-отсрочки прекратится, независимо от ранее набранных 334 дней.
В 2026 году сведения в списке также актуализируются Минцифры не реже двух раз в месяц.
Поэтому если сохранение отсрочки для Вас принципиально, соглашение с уже зафиксированной датой увольнения несет очевидный риск. Сам отпуск за свой счет здесь значительно менее опасен, чем заранее согласованное последующее увольнение.
А Вы на настоящее время сколько уже работаете в IT компании?