Александра, добрый день.
По первому вопросу: уведомление о заключении договора с иностранцем подаётся по месту нахождения работодателя (юридический адрес), а не по каждому объекту, где он физически работает - это прямо следует из ст. 13 закона №115-ФЗ и Административного регламента, утв. приказом МВД №536. Исключение - если у Вас в Мытищах и Одинцово стоят на налоговом учёте обособленные подразделения (с отдельным КПП). Тогда да, по каждому подаётся отдельное уведомление в свое территориальное подразделение МВД. Если это просто "объекты работы" по договору ГПХ без статуса обособленного подразделения - двух уведомлений не требуется, достаточно одного по юрадресу.
По второму вопросу: требование "явки с учредительными документами" как основание для отказа в приёме уведомления в регламенте не предусмотрено. Перечень оснований для отказа там закрытый - неверная форма, отсутствие обязательных сведений, нарушение срока подачи. Проверка учредительных документов уведомительный порядок не подразумевает, это не разрешительная процедура. То, что другие отделения принимают без такого требования - лишнее подтверждение, что конкретный инспектор действует за пределами регламента. Такой отказ можно и нужно оспаривать, тем более что за просрочку подачи уведомления по вине МВД (если отказ незаконен и Вы пропустите 3-дневный срок) отвечать всё равно будет работодатель по ст. 18.15 КоАП - штрафы для Москвы и области серьёзные, от 400 000 до 1 000 000 руб. за каждого иностранца.
