Ответ команды Правовед
Нотариус здесь, скорее всего, сработал по шаблону "двухквартирный дом = доля в общем имуществе", но если в ЕГРН и договоре купли-продажи ваш объект зарегистрирован именно как самостоятельная квартира со своим кадастровым номером, а отец указан единственным собственником (не "доля в праве") - дарить этот объект целиком двум дочерям можно сразу, одним договором, с определением долей одаряемых (по ½ каждой). Никакого предварительного "выделения доли" дарителю для этого не требуется - это прямо следует из ст. 572 ГК РФ и ст. 244 ГК РФ о возможности установить долевую собственность на неделимую вещь.
Но есть нюанс, который сайт-ответ упустил: реальная причина слов нотариуса может быть не в квартире, а в земельном участке под домом. Если в правоустанавливающих документах отца на участок написано не "право собственности", а "1/2 доли в праве общей долевой собственности" (то есть участок числится как единый под двумя квартирами и разделён между отцом и соседом по долям) - вот тогда нотариус прав, и разбираться нужно именно с этим объектом, а не с квартирой. У квартиры и участка могут быть разные юридические статусы, хотя оба имеют "свой кадастровый номер" - кадастровый номер есть и у доли в общем участке, это не показатель единоличной собственности.
Поэтому прежде чем спорить с нотариусом, нужно точно посмотреть формулировку в выписке ЕГРН на земельный участок - "собственность" или "долевая собственность". От этого зависит, можно ли подарить всё одним пакетом документов или земельный вопрос нужно решать отдельно.
Готовый разбор
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.