Нотариус скорее всего имел в виду, что у отца пока нет оформленного права на земельный участок под домом (или на долю в этом участке) - а без этого подарить дочерям квартиру целиком не получится, потому что участок и строение на нём по закону должны следовать одной судьбе (п. 4 ст. 35 Земельного кодекса РФ, ст. 552 ГК РФ).
У Вас дом двухквартирный, в ЕГРН объект отца проходит как "квартира №2". Тут два варианта, и от того, какой именно - зависит вся дальнейшая процедура:
- Дом официально числится многоквартирным - тогда участок под ним является общей долевой собственностью всех собственников помещений (соседа и отца), и просто "выделить" землю под своей частью отец не может, участок либо не приватизирован вовсе, либо приватизирован без определения долей.
- Дом по факту - блокированная застройка (два отдельных блока с общей стеной), но статус в реестре до сих пор "квартира", и земля под блоком отца юридически никак не закреплена.
В обоих случаях нотариус прав: сначала нужно определить (оформить) права отца на землю - через раздел участка, признание дома домом блокированной застройки или выкуп доли земли у муниципалитета, - а уже потом дарить и квартиру, и долю земли вместе одним пакетом документов. Иначе одаряемые получат "воздух" без прав на землю, что при перепродаже или дальнейшем оформлении создаст проблемы.
Кстати, если дом признают блокированной застройкой, дарить можно будет не доли в квартире, а отдельный жилой дом (блок) целиком каждой дочери - что для дальнейшего распоряжения имуществом гораздо удобнее.