Зарегистрировать брак без документов, удостоверяющих личность обоих сторон, ЗАГС не имел права - это прямое требование ст. 26 ФЗ № 143-ФЗ. Раз свидетельство существует, значит какие-то документы всё же предъявлялись - это может быть временное удостоверение личности, справка об утере паспорта с фото, либо один из супругов подавал отдельное заявление с нотариально заверенной подписью, а лично в ЗАГС не приходил.
Но здесь важнее другое: если Ваш сын всё это время содержался в военной комендатуре, его личное присутствие в момент регистрации по закону обязательно (ст. 11 СК РФ). Без выезда либо без оформленного через начальника учреждения отдельного заявления такая регистрация - явное нарушение процедуры.
И ещё один момент, который Вам нужно знать сразу: сами Вы, как мать, оспорить этот брак не вправе. Право требовать признания брака недействительным принадлежит только самому супругу, чьи права нарушены, либо прокурору - это прямо указано в семейном законодательстве. Если есть подозрение, что документы поддельные, подпись не его или брак оформлен обманным путём (например, ради статуса жены военнослужащего и связанных с этим выплат) - это отдельная проверка, и действовать нужно быстро, пока сын под арестом и не может защитить себя сам.