Добрый вечер. Отказ в справке сам по себе не лишает Вас права на компенсацию - но без письменного обоснования этого отказа проблему не решить. По п. 9 ст. 20 Федерального закона № 76-ФЗ право на компенсацию проезда члену семьи военнослужащего реализуется только один раз в год и только по одному из ведомств - там, где фактически заявлено использование. Раз супруг заранее отказался от ВПД в пользу Вашей льготы по МВД, финансовая служба части должна была это зафиксировать рапортом - и по официальному запросу выдать подтверждающий документ.
Но здесь есть нюанс: если письменный рапорт об отказе от ВПД супруг не подавал заранее (до начала отпуска) или он не был зарегистрирован в делопроизводстве части, финансовая служба формально не может выдать справку о неиспользовании - у них просто нет документа-основания. Тогда причина отказа не произвол, а процедурный пробел, который нужно закрывать заново, и это меняет всю тактику.
Если же рапорт был подан и зарегистрирован, а справку всё равно не выдают - это уже незаконное бездействие финансового органа, и его можно и нужно обжаловать письменно, вплоть до вышестоящего командования, военной прокуратуры и суда. От того, какой у Вас сценарий, зависит, с чего начинать - переоформлять документы или сразу писать жалобу.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.