Здравствуйте, Сергей.
Отказаться от НИС и встать в очередь на субсидию можно - для участников накопительно-ипотечной системы с общей продолжительностью военной службы 10 лет и более, увольняемых по состоянию здоровья, закон прямо предусматривает право выбора формы жилищного обеспечения, ст. 15 ФЗ от 27.05.1998 № 76-ФЗ.
По общему правилу участник НИС жильё получает только через накопительный счёт (ФЗ-117), субсидия по ст. 15 76-ФЗ ему не положена - эта норма адресована тем, кто НЕ является участником НИС. Но для льготных оснований увольнения (здоровье, ОШМ, предельный возраст) при выслуге 10+ лет сделано исключение: если военнослужащий фактически не воспользовался накоплениями (не покупал жилье с использованием целевого жилищного займа, не оформлял ипотеку), он вправе отказаться от НИС и перейти на общий порядок жилищного обеспечения - жильё в собственность или субсидия.
Здесь два момента, которые всё определяют. Первый - выбор нужно сделать письменно и оформить до исключения из списков личного состава воинской части. После увольнения это право реализовать почти нереально, разве что через суд, и не гарантированно. Второй - выбор необратим: перейдя на субсидию, Вы теряете право на накопления по именному счёту, вернуться в НИС уже не получится.
У Вас исходные данные подходящие - выслуга больше 10 лет, увольнение по здоровью, накопления не использованы. Но сам переход не происходит автоматически, его нужно правильно инициировать и успеть до приказа об увольнении.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.