Здравствуйте. В Вашей ситуации я бы не рекомендовал ехать в Россию, пока не будет хотя бы письменного обращения в военкомат и подтверждения, что сведения в реестре исправлены либо что активной повестки/ограничения на выезд нет. По закону граждане, постоянно проживающие за пределами РФ, не обязаны состоять на воинском учёте: это прямо указано в статье 8 ФЗ № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе». У Вас на руках есть сильные доказательства: справка о снятии с учёта, отметки в военном билете, консульский учёт, ВНЖ, договор аренды, справка из университета. Поэтому запись в электронном реестре о том, что Вы якобы состоите на учёте с 2018 года, выглядит как ошибка или неактуальные сведения.
При этом практически реестр игнорировать нельзя. Сейчас постановка, снятие с воинского учёта и изменение сведений осуществляются через Реестр воинского учёта, а военкоматы могут вносить изменения и направлять повестки без личной явки гражданина на основании сведений из государственных информационных систем. Закон также предусматривает, что таким гражданам могут направляться повестки, в том числе в электронной форме, для сверки сведений. Поэтому реестр не «сильнее» Ваших документов по существу, но для госорганов он может быть рабочим источником данных, из-за которого могут сформировать повестку или ограничение.
По вопросу границы: сами по себе неверные сведения в реестре о постановке на учёт ещё не равны автоматическому запрету на въезд или выезд. Но если на основании этой записи будет сформирована повестка и она будет считаться вручённой, могут возникнуть ограничительные меры, включая запрет на выезд. Поэтому риск не в том, что «реестр отменяет документы», а в том, что из-за ошибочной записи военкомат может начать действия так, как будто Вы состоите на учёте в РФ.
Что нужно сделать сейчас: направьте через Госуслуги и заказным письмом/электронную приёмную в военкомат, где Вы были сняты с учёта, заявление о внесении исправлений в Реестр воинского учёта. В заявлении укажите, что с 2023 года Вы сняты с воинского учёта в связи с проживанием за границей, постоянно проживаете и учитесь за пределами РФ, состоите на консульском учёте, поэтому просите исключить ошибочную запись о нахождении на воинском учёте, внести актуальные сведения и выдать письменное подтверждение. К заявлению приложите справку о снятии с учёта, страницы военного билета с отметками, ВНЖ, консульский учёт, договор аренды, справку из университета, копию загранпаспорта и сведения о текущем адресе за границей.
Отдельно подайте запрос о наличии или отсутствии сформированных повесток, ограничений и решений по Вам. По статье 10 ФЗ № 53-ФЗ гражданин вправе сообщать в военкомат сведения об изменении места пребывания, выезде из РФ на срок более шести месяцев и въезде в РФ, в том числе через Госуслуги, поэтому Ваше обращение будет не просто жалобой, а официальным сообщением об актуальных данных воинского учёта.
Если нужно срочно въезжать в Россию, возьмите с собой весь комплект оригиналов и копий: справку о снятии с учёта, военный билет с отметками, ВНЖ, консульский учёт, справку из университета, договор аренды, копии заявлений в военкомат и подтверждение их отправки. Но с точки зрения рисков безопаснее сначала добиться письменного ответа военкомата или хотя бы зафиксировать подачу заявления до въезда. Если военкомат откажется исправлять сведения или направит повестку, нужно обжаловать действия военкомата в вышестоящий военкомат, военную прокуратуру и при необходимости в суд по КАС РФ.
Итог: юридически у Вас есть основания не состоять на воинском учёте в РФ как у постоянно проживающего за границей, но практически ошибочная запись в реестре может создать проблемы. Поэтому первым шагом нужно срочно подать заявление об исправлении сведений и запросить информацию о повестках/ограничениях, а поездку в Россию по возможности отложить до получения ответа. Могу помочь подготовить такое заявление в военкомат и жалобу на случай отказа.