Здравствуйте.
Гауптвахту без суда назначить могут - это дисциплинарный арест по ФЗ № 231-ФЗ, решение выносит командир части единолично, обычный суд здесь не участвует. Но применить арест можно только за грубый дисциплинарный проступок из закрытого перечня (в том числе хранение/использование неразрешённых носителей и устройств с функцией передачи данных), и только после обязательного разбирательства - не более 2 суток, с обязательным получением объяснений от самого военнослужащего.
Тут у вас как минимум два слабых места в процедуре против сына. Первое - жёсткий диск сам по себе не оружие и не наркотик, факт "нашли на рабочем месте" не равен факту "принадлежит и использовался именно сыном". Бремя доказывания того, что диск его и что он с него что-то скидывал/хранил, лежит на командовании, а не на сыне - его слова "это не моё" не обязаны быть подтверждены им же, наоборот, командиру нужно доказать обратное. Второе - "документ ОРМ" от лица командира вызывает вопросы: оперативно-розыскную деятельность командир части не проводит, это полномочия ФСБ, военной полиции, органов следствия. Если под видом ОРМ ему просто дали подписать какую-то бумагу без разъяснения прав - это процессуальное нарушение, которое можно использовать при обжаловании.
Отдельно стоит выяснить, что именно на этом диске нашли - если там просто фильмы/музыка, это одно, если служебная/секретная информация - совсем другой уровень ответственности, вплоть до уголовной, и тогда речь уже не о 15 сутках, а о следствии.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.