Здравствуйте. Да, такие споры встречаются. Суды в подобных делах обычно подтверждают правомерность позиции ЗАГСа: они не могут вносить правки в акты, составленные за рубежом. При этом суды смотрят на суть: если орган опеки дал разрешение (как у вас), а ЗАГС формально не вправе менять иностранную запись — суд, как правило, не обязывает ЗАГС выдать новое свидетельство о рождении. Задача суда в таких случаях — подтвердить право на саму перемену имени и выдать свидетельство о перемене имени.
Получить новое российское свидетельство о рождении с изменённой фамилией не получится. Но сменить фамилию всё равно можно. ЗАГС выдаст свидетельство о перемене имени. На основании этого документа в дальнейшем вы сможете вносить изменения в российские реестры (например, обновить данные в СНИЛС, полисе ОМС, в записях российского ЗАГСа, если позже появится такая возможность), а также использовать его как доказательство при взаимодействии с иностранными инстанциями.
С разрешением опеки вы подаёте заявление в ЗАГС. На его основании сотрудники составляют запись акта о перемене имени. И уже на основании этой записи вам выдадут свидетельство о перемене имени. В суд обращаться только если вам откажут в ЗАГСе. Но обратите внимание, что это не новое свидетельство о рождении, а именно свидетельство о перемене имени. Это не одно и тоже.