Здравствуйте, Ксения.
Для целей налогового контроля ФНС обычно ориентируется на сведения из отчетности работодателя, включая среднесписочную численность работников и фонд оплаты труда.
Работники, оформленные на 0,5 ставки, как правило, учитываются как целые единицы при расчете среднесписочной численности, если состоят в штате организации. Поэтому в Вашем примере фонд оплаты труда обычно будет соотноситься со среднесписочной численностью работников, а не с количеством ставок.
Соответственно, если в организации числится 10 работников, из которых двое работают на 0,5 ставки, средняя заработная плата для целей анализа ФНС, как правило, будет рассчитываться исходя из 10 работников, а не из 9 ставок.
Однако конкретная методика может отличаться в зависимости от того, какой именно показатель анализируется: среднесписочная численность, расчет по РСВ, 6-НДФЛ либо данные для риск-анализа налоговым органом.