Здравствуйте! В вашей ситуации работодатель формально прав лишь частично, но по факту возникает перекос, который можно оспаривать.
Средний заработок для оплаты командировок и отпусков действительно рассчитывается исходя из выплат за последние 12 месяцев. Поэтому, если повышение произошло недавно, в расчёт попадает старый оклад, и выплаты временно ниже текущего уровня. Это предусмотрено правилами расчёта среднего заработка.
Однако есть важный момент. Если у вас практически нет «обычных» рабочих дней и вы постоянно находитесь в командировках, то фактически вы длительное время не получаете зарплату по новому окладу. Это уже может рассматриваться как ухудшение условий оплаты труда по сравнению с установленными в трудовом договоре.
В такой ситуации обычно проверяют, не нарушается ли принцип сохранения заработка и не используется ли схема с постоянными командировками как способ платить меньше. Судебная практика по таким делам есть, и нередко она встаёт на сторону работника, если доказано, что командировки носят постоянный характер и подменяют обычную работу.
Что можно сделать. Сначала стоит письменно обратиться к работодателю с требованием разъяснить порядок расчёта и указать, почему фактический доход не соответствует новому окладу. Если реакции нет или ответ формальный, дальше имеет смысл обращаться в трудовую инспекцию или уже в суд с требованием пересчёта выплат.
Суть вашей позиции должна быть такой: да, средний считается по закону, но при постоянных командировках работодатель обязан обеспечить оплату труда не ниже установленного оклада, иначе это нарушение.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!