Здравствуйте, Жалиль. Протокол не становится незаконным только потому, что земля у фермера не оформлена. Главное это был ли выпас действительно в запрещённом месте и имел ли начальник отдела сельского хозяйства право составлять такой протокол.
По ст. 28.3 КоАП РФ протокол может составлять только уполномоченное должностное лицо. Кроме того, по ст. 1.5 КоАП РФ орган обязан доказать нарушение: где был выпас, почему это место запрещено, кому принадлежит скот и в чём вина фермера.
Нужно получить копию протокола и проверить, какая статья там указана и на каком основании должностное лицо его составило. Если потом вынесут штраф, его можно обжаловать в течение 10 дней со дня получения постановления.
Если потребуется более детальное разъяснение или помощь с подготовкой документов — можете написать мне в чат.