Здравствуйте!
В описанной вами ситуации я не вижу каких-либо нарушений законодательства только потому, что вы одновременно работаете по трудовому договору, выполняете работы по договору ГПХ и ведете предпринимательскую деятельность как ИП.
Действительно, российское законодательство допускает совмещение этих статусов. Ограничения могут возникать лишь для отдельных категорий лиц (например, государственных и муниципальных служащих), но из вашего вопроса таких обстоятельств не усматривается.
Что касается льготной ставки УСН 5% в Ленинградской области, то здесь ключевое значение имеет не ваше фактическое место проживания или учебы, а место регистрации ИП. В соответствии со ст. 346.20 НК РФ пониженные ставки УСН устанавливаются законами субъектов РФ и применяются налогоплательщиками, состоящими на учете в соответствующем регионе.
Само по себе проживание в Москве, обучение в магистратуре, удаленная работа на московского работодателя или наличие заказчиков из других регионов не лишают вас права применять льготную ставку УСН, если ИП зарегистрировано в Ленинградской области и соблюдаются условия регионального закона о пониженной ставке.
На практике налоговые органы обычно обращают внимание на другое: не является ли регистрация ИП в льготном регионе формальной. Например, когда предприниматель регистрируется в регионе с низкой ставкой, но фактически полностью переносит туда учет только на бумаге, не имея никакой реальной связи с этим регионом. Однако в вашем случае наличие регистрации ИП в Ленинградской области само по себе не противоречит закону, а дистанционный характер деятельности (IT-услуги, аналитика, участие в закупках) не предполагает обязательной привязки к конкретному месту ведения бизнеса.
Дополнительно стоит учитывать, что получение дохода по трудовому договору и по договору ГПХ не влияет на право применения УСН по ИП. Эти доходы облагаются в разных налоговых режимах и учитываются отдельно.
Я бы рекомендовал лишь периодически отслеживать актуальную редакцию закона Ленинградской области о пониженных ставках УСН, поскольку субъекты РФ вправе изменять условия применения льгот, перечни видов деятельности и размеры ставок на будущие налоговые периоды.
При тех обстоятельствах, которые вы описали, риск утраты права на льготную ставку УСН только из-за проживания и обучения в Москве представляется минимальным.
Если вам необходимо разобрать ваш вопрос детально, то напишите мне в личный чат и направьте сведения о регистрации ИП, основные коды ОКВЭД, применяемый региональный закон Ленинградской области о льготной ставке УСН, информацию о месте регистрации по месту жительства и месту пребывания, а также структуру доходов по трудовому договору, ГПХ и предпринимательской деятельности.
