Здравствуйте!
Да, как правило, это допустимо. Если по условиям договора обеспечительный платеж подлежит уменьшению вследствие снижения размера постоянной арендной платы, стороны могут оформить зачет части обеспечительного платежа в счет текущего обязательства по внесению арендной платы.
Для ИП на УСН «доходы» 6% важно учитывать, что обеспечительный платеж сам по себе обычно не признается доходом на момент получения, если носит обеспечительный характер и подлежит возврату. Однако если часть обеспечительного платежа по соглашению сторон засчитывается в счет арендной платы, то на дату зачета эта сумма фактически становится арендным доходом и должна включаться в налоговую базу по УСН.
Рекомендую оформить это документально: либо дополнительным соглашением о снижении обеспечительного платежа и зачете излишка в счет арендной платы, либо отдельным соглашением (актом) о зачете взаимных требований. Тогда будет подтверждено как уменьшение обеспечительного платежа, так и погашение части арендной платы за счет зачета.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.