Но хотелось бы знать какие выплаты ему все же положены и в какие сроки его обязаны уволить

Здравствуйте. После вступления приговора в законную силу и направления к отбыванию наказания военнослужащего действительно должны исключить из списков личного состава части и оформить увольнение с военной службы. Но на практике с мобилизованными и осуждёнными по 337 УК РФ сейчас очень часто возникают большие задержки с документами, расчётами и исключением из штата, поэтому ситуация, которую Вы описываете, к сожалению, встречается нередко.

Что касается выплат, то до момента официального исключения из списков части определённое денежное довольствие обычно продолжает начисляться, хотя после возбуждения дела, нахождения под стражей и приговора многие выплаты, включая президентские, действительно прекращают. При этом полностью “обнулить” всё без оформления документов часть тоже не вправе. После увольнения должны произвести окончательный расчёт по положенным суммам, включая фактически начисленное довольствие и иные выплаты, если они сохранялись на дату исключения из списков.

То, что в личном кабинете сначала отображались расчётные листы и статус в штате, а затем всё исчезло, может говорить о начале оформления исключения из списков либо о внутренних изменениях по денежному обеспечению. Но сам факт исчезновения информации ещё не означает, что увольнение уже оформлено надлежащим образом.

Сейчас правильно, что Вы уже обратились в прокуратуру. Дополнительно обычно запрашивают:
— приказ об исключении из списков личного состава;
— сведения о прохождении службы;
— справку о начисленных и выплаченных суммах;
— копию приказа об увольнении.

Если хотите, могу помочь подготовить более сильное обращение в военную прокуратуру или запрос в часть по вопросу увольнения, окончательного расчёта и невыплаченного денежного довольствия.