Здравствуйте, Константин.
Я жил и работал в ЗАТО более 20 лет (юрист Администрации 7 лет) и имею представление о порядках и действующем законодательстве в этой сфере.
Вам необходимо будет доказать наличие оснований предусмотренных статьей 614 Гражданского кодекса РФ
При этом, сразу обращаю внимание что незнание законов к таким обстоятельствам не относится.
То есть, то что Договор аренды сроком больше года нужно регистрировать это закон, то что для его регистрации необходимо получить разрешение Администрации ЗАТО это тоже закон. Согласие Администрации выдаётся по согласованию с МО и ФСБ, это тоже очевидный порядок предусмотренный нормативно.
Если Вы подавали соответствующие заявки, а по ним не было ответа, то это препятствие по регистрации Вами Договора и соответственно по заключению договоров снабжения помещения.
Если к Вам на объект, например не впускали в ЗАТО ремонтные бригады, транспорт со стройматериалами, то это тоже препятствие в Вашей деятельности.
При этом, Администрация ЗАТО будет ссылаться в споре на акт приёма передачи и на то, что у Вас был доступ в помещение, поскольку Вы делали ремонт.
Оптимальным выходом в Вашей ситуации будет уменьшение арендной платы например в 2 раза за период когда Вы по причинам несогласования Вам заключения Договора аренды органами МО и ФСБ имели препятствия в пользовании помещением.
Изучу документы, дополню.
Таким образом, можно не ожидая претензии арендодателя направить ему письменную претензию с обоснованием, что в спорный период вы не имели фактической возможности использовать помещение по причине ненадлежащего исполнения арендодателем обязательств (в т.ч. по обеспечению необходимых разрешений).
В случае отказа — обратиться в суд с требованием освободить от арендной платы за период, когда помещение не могло быть использовано по назначению (со ссылкой на ст. 611,614 ГК РФ и разъяснения Пленума ВАС РФ.
Гражданский кодекс РФ ( п. 3 ст. 433, ст. 611,614);
Федеральный закон от 13.07.2015 № 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости» (ст. 51).
Направить арендодателю письменную претензию с обоснованием, что в спорный период вы не имели фактической возможности использовать помещение по причине ненадлежащего исполнения арендодателем обязательств (в т.ч. по обеспечению необходимых разрешений).
В случае отказа — обратиться в суд с требованием освободить от арендной платы за период, когда помещение не могло быть использовано по назначению (со ссылкой на ст. 611 ГК РФ и Постановление Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 17.11.2011 № 73 (в редакции от 25.01.2013 № 13 ), п. 14 ).
С уважением адвокат Чичигин Р.Н.