Может ли суд признать экспертизу не законной?

По ст. 79 ГПК РФ тут экспертизу не назначат.

ГПК РФ в данном споре не применяется. 

Какие будут последствия в случае проигрыша и обжаловании решения суда во второй инстанции? 

Не совсем понятен Ваш вопрос. Уточните, о чём Вы.

Может ли суд признать экспертизу не законной?

В соответствии со ст. 67 Гражданского процессуального Кодекса РФ:

1. Суд оценивает доказательства по своему внутреннему убеждению, основанному на всестороннем, полном, объективном и непосредственном исследовании имеющихся в деле доказательств. 
2. Никакие доказательства не имеют для суда заранее установленной силы.

Суд должен оценить доказательства на предмет относимости, допустимости и достоверности, и оценку доказательств изложить в судебном решении.

 Как правило, все доказательства оцениваются в их совокупности., поэтому ответить на Ваш вопрос, как оценить суд Ваше доказательство, невозможно, он оценит на своё усмотрение.

По ст. 79 ГПК РФ тут экспертизу не назначат.

ГПК РФ в данном споре не применяется. 

Может ли суд признать экспертизу не законной?

 Если правильно понял смысл Вашего спора — то суд не сможет признать решение незаконным.

Исходя из Обзора практики  (утв. Президиумом Верховного Суда РФ 23.12.2015)

20. Установление причиной связи увечья, заболевания  (формулировка «военная травма») относится к исключительной компетенции военно-врачебных комиссий.

Аналогичным образом решается вопрос и с категорией годности — суды указывают, что к исключительной компетенции ВВК относится разрешение данного вопроса.

Итогом такого рода споров может явиться решение суда, которым он возлагается обязанность организовать повторное ВВК и по результатам его проведение вынести иное заключение.

Я самостоятельно занялся поиском экспертной организации и в течении оговоренного срока мне сделали экспертизу, выслав на мою электронную почту заверенные скан копии экспертизы, а оригинал почтой. В суде я предоставил данную экспертизу, суд принял экспертизу, но сказал что нужен оригинал и перенёс слушание дела. Также добавил что экспертизу нужно делать через суд.

 Это стандартная практика по данным категориям споров. 

Суд без проведенной независимой ВВК может отказать в удовлетворении иска. Например,  Определение Третьего кассационного суда общей юрисдикции от 06.11.2024 N 88-22224/2024 (УИД 11RS0002-01-2023-002854-95)

указывало, что истец не обжаловал вынесенное военно-врачебной комиссией в отношении него заключение в части установления ему категории годности в вышестоящую военно-врачебную комиссию и не обращался с заявлением о проведении независимой военно-врачебной экспертизы.

И соответственно это явилось одним из обоснований для отказа в удовлетворении заявленных требований.

При поступлении на рассмотрение суда независимой ВВК суд может  назначить судебную экспертизу.

И уже исходя из ее выводов, может удовлетворить требования, возложив на ВВК повторное проведение освидетельствования.