И кто виноват, что информация об его обучении отсутствует?

Здравствуйте.

В описанной ситуации молодому человеку безопасно обратиться в военкомат с целью подтвердить право на отсрочку от призыва по причине обучения в аспирантуре. Это необходимо сделать для снятия ограничений, включая запрет на выезд, который был наложен после неявки по повестке. 

Право на отсрочку для аспирантов
Согласно подпункту «а» части 2 статьи 24 Федерального закона от 28.03.1998 №53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», отсрочка от призыва предоставляется аспирантам, обучающимся по очной форме. Для получения отсрочки необходимо:

предоставить в военкомат справку из учебного заведения, подтверждающую очную форму обучения, дату зачисления, направление подготовки и срок окончания обучения; 
пройти медицинское освидетельствование для определения категории годности к военной службе;
дождаться решения призывной комиссии о предоставлении отсрочки. 
Справка должна быть подписана руководителем или уполномоченным лицом образовательного учреждения и заверена печатью. 

Опасаетесь бусификации? Направьте документы в военный комиссариат Почтой России (заказным с уведомлением о вручении и описью вложения).

Справки об обучении не стоит путать со справками, которые выдаются образовательными организациями по просьбе обучающихся для представления в пенсионный, налоговый орган, военкомат, по месту работы родителей и т.д. и подтверждают факт их обучения в соответствующей образовательной организации по той или иной образовательной программе. В отличие от таких справок, представляемых по месту требования (далее — справка по месту требования), справка об обучении содержит не только информацию об образовательной программе, но и перечень и объем изученных учебных предметов, курсов, дисциплин (модулей), пройденных практик, выполненных научных исследований, а также оценки, выставленные образовательной организацией при прохождении обучающимся промежуточной аттестации. Справка об обучении выдается при отчислении обучающегося, справка по месту требования — подтверждает факт обучения на момент выдачи справки. Первая относится к документам об обучении, справка по месту требования таковым не является.

В некоторых вузах справка об обучении для военкомата оформляется в виде электронного документа, подписанного усиленной квалифицированной электронной подписью (УКЭП). Гражданин направляет справку в электронный вид в военный комиссариат по месту воинского учёта на адрес электронной почты комиссариата. Рекомендуется также приложить к заявлению протокол проверки подлинности электронной подписи.

Проверка подлинности электронного документа возлагается на получателя, визуализированный образ электронного документа на бумажном носителе не имеет юридической силы