Работодатель оплачивает нам двойную плату за праздничные дни или за подработку наличными и высчитывает с них налог (основная зарплата идёт на карту), законно ли это?

Ситуация, которую вы описали, содержит два отдельных, но связанных вопроса: законность размера оплаты за работу в праздники и переработки, а также законность способа выплаты (наличные «мимо кассы» с удержанием налога). Короткий ответ: размер оплаты, скорее всего, законен (если это действительно двойная оплата), а вот схема с наличными вызывает очень серьезные вопросы и, вероятно, нарушает трудовое и налоговое законодательство.

1. Оплата работы в праздничные дни и переработки (подработки)
Ваш работодатель обязан оплачивать эту работу в повышенном размере. Это требование Трудового кодекса РФ.

Правовая основа: Согласно статье 153 ТК РФ, работа в выходной или нерабочий праздничный день оплачивается не менее чем в двойном размере. Оплата сверхурочной работы (переработки) регулируется статьей 152 ТК РФ: первые два часа оплачиваются не менее чем в полуторном размере, последующие — не менее чем в двойном.
То, что вы называете «подработкой», с юридической точки зрения является либо сверхурочной работой, либо работой по совместительству, и она должна оплачиваться соответственно.
У вас есть право выбрать: получить двойную оплату или одинарную оплату, но взять другой день отдыха (отгул) за работу в праздник. Это ваш выбор, работодатель не может навязывать отгул принудительно.
2. Выплата наличными «в конверте» с удержанием налога
Это самая проблемная часть вашей ситуации. Здесь есть два момента: законность выплаты наличными и законность удержания налога.

Законно ли получать зарплату наличными?
В целом, да. Трудовой кодекс допускает выплату зарплаты как через кассу организации наличными, так и перечислением на банковскую карту .

Но есть важные условия:

Способ выплаты должен быть прописан в вашем трудовом или коллективном договоре. Если в договоре указана только «карта», то требовать наличные вы не можете, но и работодатель не имеет права платить вам «наличкой» без вашего согласия и изменения договора.
Выплата должна проводиться официально, через кассу предприятия, с оформлением расчетно-платежной ведомости (форма Т-49) или расходного кассового ордера, где вы ставите свою подпись о получении денег.
Главная проблема: что означает «высчитывает с них налог»?
Фраза «высчитывает с них налог» при выплате наличными — это ключевой сигнал о возможном нарушении. С точки зрения закона, это может означать две разные ситуации:

Ситуация А (серая схема): Вам платят «черным налом» из неучтенной кассы. При этом работодатель говорит, что «удержал налог», но по факту он может просто оставить эти деньги себе или заплатить с них налоги, но не со всей суммы. Для вас это значит, что с этой части дохода вы не видите отчислений в пенсионный фонд, и вы не сможете официально подтвердить этот доход, например, для кредита.
Ситуация Б (формально законная, но странная): Работодатель официально выдает вам зарплату из кассы, удерживает НДФЛ (13%) и перечисляет его в налоговую. Это абсолютно законно. Но тогда возникает вопрос: почему тогда основная зарплата идет на карту, а доплаты — наличными? Для бухгалтерии нет разницы, с чего удерживать налог. Если они официально начисляют вам двойную оплату за праздники, они обязаны удержать с нее НДФЛ и перечислить в бюджет, независимо от способа выплаты — на карту или из кассы.
Насколько законна схема вашего работодателя?
Скорее всего, законной ее назвать нельзя по следующим причинам:

Нарушение порядка учета заработной платы. Работодатель обязан вести полный учет всех выплат каждому работнику. Выплата части денег «наличными» отдельно от основной зарплаты, без отражения в ведомостях, это нарушение.
Риск неуплаты налогов. Если работодатель выплачивает вам 40 000 рублей наличными и «высчитывает налог», но не отражает эту сумму в отчетности, он становится налоговым должником перед государством. В случае проверки ответственность ляжет на него, но и у вас могут возникнуть проблемы с подтверждением дохода.
Несоответствие трудовому договору. Если в вашем договоре указан только безналичный способ оплаты, то выплата наличными является нарушением условий договора.
Ваши действия зависят от того, устраивает ли вас такая ситуация.

Если вас все устраивает и вы доверяете работодателю, можно ничего не делать, но нужно понимать все риски: вы теряете в пенсионных накоплениях, не можете официально подтвердить полный доход, а в случае конфликта доказать, что вам платили эти деньги, будет сложно.
Если вы хотите, чтобы все было официально:

Попросите работодателя выплачивать все деньги (и оклад, и доплаты) официально. Для этого не обязательно переводить все на карту — можно попросить выдавать вам всю зарплату наличными, но через кассу, по ведомости.
Если работодатель отказывается платить официально:

Это повод для обращения в Государственную инспекцию труда или прокуратуру. При проверке работодателя заставят платить налоги, но ваши отношения с ним, скорее всего, испортятся.
Краткий итог:

Двойная оплата за праздники — законно и правильно.
Способ выплаты наличными «в конверте» — это серая схема. Даже если налог действительно удерживается и перечисляется, отсутствие официального оформления этих выплат через кассу нарушает закон. Вы имеете полное право требовать, чтобы вся ваша зарплата выплачивалась в соответствии с трудовым договором — либо полностью на карту, либо полностью через кассу, но официально.