Каким образом можно решить этот вопрос?

Индивидуальный предприниматель (ИП) на УСН «доходы», не являющийся плательщиком НДС, не может выставлять счета-фактуры с НДС для получения заказчиком вычета. Однако, если ИП добровольно выставит счет-фактуру с НДС, он будет обязан уплатить эту сумму в бюджет, но при этом не получит права на вычеты по «входному» НДС.
Обоснование: Налогоплательщики, применяющие УСН и не превышающие установленные лимиты доходов (60 млн рублей за предшествующий год), освобождены от исполнения обязанностей, связанных с исчислением и уплатой НДС, согласно пункту 1 статьи 145 Налогового кодекса Российской Федерации (НК РФ). Это освобождение носит обязательный характер.
Если ИП, применяющий УСН и освобожденный от НДС, выставит покупателю счет-фактуру с выделенной суммой НДС, то эта сумма подлежит уплате в бюджет на основании подпункта 1 пункта 5 статьи 173 НК РФ. При этом у такого ИП не возникает права на вычеты по «входному» НДС, согласно пункту 2 статьи 170 НК РФ.

Выставление счета-фактуры с НДС не означает автоматического перехода ИП на общий режим налогообложения или на обязанность уплаты НДС в целом. ИП остается на УСН, но возникает обязанность по уплате НДС с конкретной операции, указанной в счете-фактуре.

Для корректного оформления отношений с заказчиком, который нуждается в счетах с НДС для вычета, ИП на УСН может рассмотреть следующие варианты:

Переход на ОСНО: Это наиболее прямой способ стать плательщиком НДС, но влечет за собой более сложное налогообложение и отчетность.
Привлечение посредника на ОСНО: ИП может работать через организацию или другого ИП, который является плательщиком НДС. В этом случае посредник будет выставлять счета-фактуры с НДС заказчику, а с ИП будет работать по договору, не предусматривающему НДС.
Изменение условий договора: Если заказчик готов принять документы без НДС, то ИП может продолжать работать в рамках УСН.