Мною в 2018 году был заключен целевой договор с Управлением Роспотребнадзора на обучение в мед.университете

Ситуация с целевым обучением регулируется ст. 56 и 71.1 Закона «Об образовании в РФ» и Постановлением Правительства РФ, действовавшим на момент заключения договора в 2018 году.

Ответ на ваши вопросы:

1. Вправе ли организация наложить штраф?
Да, вправе. Ваша обязанность — не просто заключить трудовой договор, а отработать установленный срок (минимум 3 года).

Тот факт, что вы уже работаете 1,5 года, подтверждает исполнение договора лишь наполовину.
При увольнении по собственному желанию без уважительных причин (перечень которых очень узкий), наступает ответственность за невыполнение обязательств по отработке.
2. Считается ли целевой договор «недействительным» после трудоустройства?
Нет, это заблуждение. Целевой договор — это комплексное соглашение.

Обязательство по отработке является его неотъемлемой частью.
Срок действия договора «до момента трудоустройства» обычно касается только раздела об организации обучения. Раздел об отработке действует до конца срока этой самой отработки.
Если вы увольняетесь раньше 3 лет, вы нарушаете условия именно целевого договора, который «связан» с вашим трудовым контрактом.
Что именно придется выплатить (санкции):
Возмещение мер социальной поддержки: Вы обязаны вернуть организации все деньги, которые она потратила на вас за годы учебы (стипендии, оплата общежития, проезда и т.д.) — в полном объеме.
Штраф в бюджет: Вы обязаны выплатить штраф государству (университету) в размере расходов федерального или регионального бюджета на ваше обучение. Это самая крупная сумма, которая часто исчисляется сотнями тысяч рублей. Сумма штрафа обычно рассчитывается пропорционально неотработанному времени (т.е. за оставшиеся 1,5 года).
Есть ли исключения?
Штраф не платится только в исключительных случаях:

У вас или у супруга/родителя инвалидность 1 или 2 группы, требующая ухода.
Ликвидация организации-работодателя.
Сокращение штата.
Наличие ребенка-инвалида или статус единственного родителя.
Совет: Прежде чем подавать заявление, запросите в отделе кадров или юридическом отделе Роспотребнадзора расчет суммы, которую вам предъявят к возврату. Иногда сумма оказывается настолько высокой, что выгоднее доработать оставшиеся 1,5 года.

С уважением, Ситдиков Фанзиль Альбертович.

Доброго здравия.

Чтобы дать точный ответ, необходимо изучить текст целевого договора (особенно разделы об обязательствах сторон, порядке расторжения и ответственности). Однако на основе действующего законодательства (в первую очередь — ст. 56 Федерального закона от 29.12.2012 № 273‑ФЗ «Об образовании в Российской Федерации») можно обозначить ключевые правовые позиции.

Что говорит закон
Целевой договор — это трёхстороннее соглашение (абитуриент + заказчик + вуз), по которому:

заказчик (в вашем случае — Управление Роспотребнадзора) направляет вас на обучение;
вы обязуетесь после выпуска отработать у заказчика установленный срок;
вуз обеспечивает обучение по согласованной программе.
Обязательство отработать — ключевое условие целевого договора. Его невыполнение влечёт имущественную ответственность (ч. 7 ст. 56 Закона об образовании).

Анализ ваших обстоятельств
Заключение трудового договора на 3 года
Это исполнение вами обязательства по целевому договору. Однако сам трудовой договор — отдельный документ, регулируемый ТК РФ. Его наличие не отменяет действия целевого договора в части ответственности за недоработку.
Утверждение, что целевой договор «уже не действителен»
Это неверно. Целевой договор действует до полного исполнения обязательств, то есть до окончания установленного срока отработки. Если в договоре прописано, что вы должны отработать 3 года с момента трудоустройства, то он остаётся в силе все 3 года. Расторжение трудового договора до истечения этого срока — основание для взыскания убытков с вас.
Вправе ли организация наложить штрафные санкции?
Да, вправе — но не «штраф» в административном смысле, а возмещение затрат, понесённых заказчиком на ваше обучение.

Порядок и размер возмещения определяются:

условиями целевого договора (смотрите раздел об ответственности);
расчётом затрат заказчика (согласно ч. 7 ст. 56 Закона об образовании).
Обычно возмещаются:

стоимость обучения (если заказчик оплачивал его);
стипендии, пособия и иные выплаты, предоставленные вам в период учёбы;
иногда — иные расходы, прямо указанные в договоре.
Что делать вам
Внимательно перечитайте целевой договор
Найдите разделы:

«Обязанности гражданина» (вас);
«Ответственность сторон»;
«Порядок расторжения договора»;
«Размер возмещения».
Проверьте, есть ли в договоре основания для освобождения от ответственности
Закон допускает освобождение от возмещения, если:

отработка стала невозможной по состоянию здоровья (при наличии медзаключения);
вы ухаживаете за ребёнком-инвалидом, нетрудоспособным родственником и т. п.;
работодатель нарушил условия трудового договора (например, не предоставил работу по специальности).
Проконсультируйтесь с юристом
Особенно если:

договор содержит неоднозначные формулировки;
вы считаете, что у вас есть уважительные причины для увольнения;
организация требует сумму, которая кажется вам завышенной.
Получите от работодателя расчёт суммы возмещения
Заказчик обязан предоставить вам документально подтверждённый расчёт затрат, которые вы должны возместить. Без этого требования неправомерны.
Итог
Целевой договор не прекращает действие после заключения трудового договора. Он действует до полной отработки срока.
Увольнение до истечения срока отработки даёт право заказчику требовать возмещения затрат на ваше обучение.
Размер возмещения определяется договором и расчётом затрат работодателя.
Ваши шансы снизить сумму или избежать возмещения зависят от условий договора и наличия уважительных причин.
Рекомендация: прежде чем увольняться, запросите у Управления Роспотребнадзора:

письменный расчёт суммы, которую вы должны возместить;
ссылку на конкретные пункты договора, обосновывающие требование.
Это позволит вам оценить правомерность претензий и принять взвешенное решение.

Здравствуйте!

Да, организация с высокой долей вероятности имеет право взыскать с вас компенсацию за неотработку срока, предусмотренного целевым договором.

Вы ошибочно полагаете, что целевой договор прекратил действие после трудоустройства. Это не так. Целевой договор на обучение (договор о целевом обучении) — это самостоятельный гражданско-правовой договор. Его основная цель — обеспечить получение вами образования за счет средств будущего работодателя (или с его гарантией) и ваше последующее трудоустройство у него.

Содержание договора: В нем прописываются обязательства сторон: ваше — окончить вуз и отработать определенный срок (обычно не менее 3 лет), обязательство работодателя — принять вас на работу.
Срок действия: Действие такого договора не заканчивается в момент трудоустройства. Он регулирует отношения сторон вплоть до полного исполнения всех обязательств, то есть до истечения срока обязательной отработки. Факт заключения трудового договора является лишь этапом его исполнения.
Трудовой договор на 3 года — это инструмент для исполнения условия целевого договора об отработке. Это два взаимосвязанных, но разных документа. Истечение срока целевого договора нигде не привязано к дате заключения трудового.
Таким образом, целевой договор продолжает действовать, и ваше обязательство отработать 3 года остается в силе.

2. Правовые последствия досрочного увольнения
Ваше желание уволиться до истечения 3-летнего срока отработки квалифицируется как односторонний отказ от исполнения целевого договора. В соответствии с законодательством ( Федеральный закон «Об образовании в РФ» ст. 56) это влечет финансовые последствия.

Организация (работодатель-заказчик) имеет право потребовать от вас возмещения:

Расходов, связанных с предоставлением мер поддержки. Поскольку вы учились по целевому направлению от Роспотребнадзора, скорее всего, вам предоставлялась одна или несколько из следующих мер:

Выплата стипендии (повышенной, дополнительной) от организации.
Оплата проживания в общежитии, проезда, учебной литературы и других дополнительных расходов.
Важно: Даже если вам напрямую не перечислялись деньги, а обучение было «бюджетным по целевому направлению», организация (Роспотребнадзор) понесла затраты, так как она «забронировала» для вас это бюджетное место и связалась обязательствами перед вузом. Эти затраты также подлежат расчету и взысканию.
Компенсации иной материальной поддержки. Все затраты, которые организация понесла на вас в период обучения, должны быть детализированы в целевом договоре.
Штрафной неустойки (если она предусмотрена). Во многих целевых договорах помимо возмещения затрат прописывается еще и фиксированный штраф или пеня за неотработку. Его законность часто оспаривается в суде, но суды чаще встают на сторону работодателя, если сумма соразмерна.
Требование о возмещении организация предъявляет вам в досудебном порядке, а в случае отказа — обращается в суд. Практика судов в таких случаях почти единогласна — они удовлетворяют требования работодателя о взыскании понесенных расходов.

3. Что делать? Практические шаги
Найдите и внимательно изучите свой целевой договор. Это ключевой документ. В нем должно быть четко прописано:

Срок обязательной отработки.
Конкретный перечень мер материальной поддержки, которые вам предоставлялись.
Порядок и формула расчета компенсации при досрочном расторжении.
Наличие и размер штрафной неустойки.
Попробуйте договориться. Перед подачей заявления об увольнении имеет смысл в неформальной обстановке обсудить с руководством возможность увольнения без взыскания компенсации (например, по состоянию здоровья, в связи с переездом супруга) или о рассрочке выплаты. Иногда организации идут навстречу, особенно если найти себе замену.
Будьте готовы к финансовым расчетам. Запросите у бухгалтерии организации детальный расчет всех затрат на ваше обучение и поддержку за весь период. Оцените, какую сумму вам могут предъявить.
Обратитесь к юристу. С учетом значительных сумм (расчет часто идет за все годы обучения), консультация с юристом, специализирующимся на трудовом праве или праве образования, будет крайне полезна. Он поможет проанализировать договор на предмет спорных условий и выработать стратегию.
Вывод:
Ваши аргументы о том, что целевой договор истек, несостоятельны с юридической точки зрения. Заключив трудовой договор на 3 года, вы начали исполнять обязательства по целевому договору. Прервав его исполнение досрочно, вы нарушаете условия целевого договора.

Организация имеет полное право потребовать с вас возмещения затрат, понесенных на ваше обучение. Размер этой суммы нужно смотреть в вашем конкретном целевом договоре.

Рекомендую начать с изучения договора и попытки мирного урегулирования вопроса с работодателем.